Теперь у русских возникли большие проблемы в тылу, так как хунхузы грабили обозы и прерывали коммуникации. Даже казаки не рисковали покидать свои лагеря, и зима 1904/05 г. стала временем тяжелых испытаний. Судя по докладам Куропаткина, этот известный генерал слабо ориентировался в обстановке, так как японских войск за его спиной не было, но действовали грамотно организованные диверсионные отряды китайских националистов под командованием японцев.
Надежда русских — Транссибирская магистраль — работала с перебоями. Жестоким испытанием стало столкновение поездов в декабре 1904 г. под Тайшетом. Эта авария остановила движение по «линии жизни». Так, к 15 декабря более 1000 вагонов с войсками остановились в чистом поле и в сибирской тайге к востоку от Тайшета и 4800 вагонов к западу от него. Через 4 дня число вагонов с запада выросло до 5200. Перевозка войск прекратилась на 10 дней, а общий порядок движения восстановился только через 23 дня. Следует отметить, что для снабжения действующей армии России требовалось не менее 900 паровозов, а работало только 300. Не хватало также топлива, большие сложности возникли с рабочей силой. Серьезного улучшения обстановки на Транссибе удалось достичь только в июне 1905 г.
Япония нанесла серьезный удар в ходе русской междоусобицы, когда талантливый разведчик, полковник Акаси большое значение придал националистам Финляндии и Польши. В конце июля 1904 г. финн Конни Эйллиакус собрал в Швейцарии польских и русских революционеров. Несмотря на постоянные интриги, раздоры и ссоры между собой, в одном эти славянские братья оказались едины, так как единодушно признавали необходимость перемен в России. Для разведки Японии это оказалось большой находкой. И пока действующая армия и флот прогнившей империи несли боевые потери, оппозиция расшатывала весь государственный механизм в ходе войны.
В это время среди политической элиты возвысилась фигура легендарного В. И. Ленина, которая впоследствии станет просто грандиозной в кровавой истории России. Однако тогда о Ленине мало кто знал даже среди чинов царской охранки. Поэтому через посредничество известной революционерки Веры Засулич (чей брат воевал на Дальнем Востоке) Акаси организовал встречу прежде всего с малоизвестным теперь Г. В. Плехановым, а уже потом с Лениным, который произвел на главу японской разведки в Европе большое впечатление. Акаси писал в Токио: «У меня о нем сложилось мнение как об искреннем человеке, лишенном эгоизма. Он пойдет на все ради своей доктрины. Ленин — это личность, способная вызвать революцию».