К борьбе с Москвой Дон был не готов ни стратегически, ни психологически, так как 200 лет все внимание казаков занимал турецкий юг. Помогая московским царям, этим православным монархам и своим виртуальным покровителям, станичники, способствуя расширению их власти, оказались в полной изоляции. Борясь за чужие интересы, казаки потеряли всех друзей и союзников. Не оказал помощи даже единокровный Запорожский Низ. Хотя казаки Гетманщины и слобожане также лелеяли мечты об утерянной независимости, но и они оказались в лагере противников.
Поэтому 2 июля 1708 г. русская армия разбила повстанцев под Тором на Донце и, преодолевая сопротивление булавинцев, продвигалась вниз по Дону. Соглашатели ликовали. Упадническая пропаганда противников борьбы за казачью волю ослабляла дух. Неудачное нападение на Азов решило исход борьбы и судьбу атамана. Долгоруков приближался к Черкасску, и в лагере Булавина царило уныние. Малодушные готовились примкнуть к заговорщикам, во главе которых тайно стоял Илья Зерщиков, один на старшин Булавина. 7 июля они попробовали взять атамана живым, но тот укрылся в крепких стенах каменного дома. С ним оставалось лишь 50 преданных делу людей, защищавшихся, пока хватало сил. Когда же противники уже готовились ворваться в их убежище, Булавин застрелился из пистолета. Предание говорит, что с ним вместе покончила жизнь его дочь Галина, заколовшая себя кинжалом.
Булавинское восстание, которое так и не удалось довести до победного конца, вошло в историю как одна из многих неудачных попыток воплощения идеи казачьей независимости. С поражением Кондратия Афанасьевича закончилась эпоха постепенного покорения Дона, началась жестокая месть повстанцам и внедрение на земле казаков русских порядков.
Петр I раздавив восстание булавинцев, разоружил их, зверски расправился, отменил право выбирать атаманов и решать дела всенародным собранием кругов и в 1721 г. передал управление казачьими делами из Посольского приказа в Военную Коллегию.
Окруженный со всех сторон русскими войсками Дон потерял миллион гектаров земли Казачьего Присуда, но полностью еще не покорился.
Так империя не только приобрела плодородные земли, но и лишила казаков Дона их древнего суверенитета. Казачья республика, хотя и выпадала из общего ряда феодальных государств, где во главе стояли князья, ханы, цари, короли, но суверенный народ сам правил и выбирал правителей даже во времена ханов Золотой Орды и Ивана Грозного. Древняя республика просуществовала до XVIII в., когда, несмотря на упорное сопротивление казаков, Петр I присоединил её к России.