Следующий прототип — Do-335V7 (CP+UG, W.Nr. 230007) — был готов в мае 1944 года. Его облетали 19 мая, после чего передали на предприятие Junkers в Дессау. Там самолет должны были подготовить к установке двигателей Jumo-213, по характеристикам похожие на DB-603. Скорее всего, V7 ни разу не поднимался в воздух с двигателями Jumo-213, а в январе 1945 года машину вернули Дорнье. Известен один послевоенный снимок этого самолета — разбитая машина, брошенная на опушке леса (правда, на фото можно разглядеть только второстепенные детали конструкции). Передний мотор оторван и валяется на боку перед самолетом. Фотография очень низкого качества, невозможно точно определить тип заднего двигателя. Передний, оторванный двигатель по мнению специалистов — стандартный DB 603. Скорее всего, вернувшись на родной завод, самолет получил «родные» двигатели. Правда, есть предположение, что Юнкерс заменил только задний мотор. В этом случае у прототипа воздухозаборники обоих двигателей должны находиться на одном, правом борту. Объединение двух разных двигателей в одном фюзеляже было возможно, так как оба мотора работали на бензине В4 с октановым числом 87. На серийных самолетах, конечно, предполагалось ставить двигатели одного типа. Но другие подробности проекта навсегда останутся тайной.
Следующим прототипом стал Do-335V8 (CP+UH, W.Nr. 230008), который предполагалось передать на фирму Daimler-Benz. Там на машину должны были поставить моторы DB603E (или LA). Установка новых двигателей влекла за собой переделку капотов, а также ряд других переделок, в том числе укороченные воздухозаборники для турбонаддува. В октябре 1944 года в Менгене прототип совершил пробный полет на большой высоте, а с февраля испытания 8-го «ферзуха» проводили в Рехлине.
Do-355V9 (CP+UI, W.Nr. 230009) был последним прототипом перед на чалом серийного производства. От своих предшественников самолет отличался усиленным шасси, а также рядом усиленных деталей внутренней конструкции. Кроме того, в конструкции самолета учли опыт испытаний предыдущих прототипов.
Девятый прототип служил образцом для модификации истребителя-бомбардировщика Do-335A-0/A-1. Первый полет Do-335V9 совершил 29 июня 1944 года. Управлял самолетом Квенцлер. Самолет был вооружен пушкой МК-103 с боекомплектом 70 выстрелов. Пушка стреляла через вал винта. Кроме того, над двигателем стояли два 15-мм пулемета MG-151с боекомплектом 200 выстрелов на ствол. Испытания вооружения прошли в июле 1944 года. На V9 стояли 12-цилиндровые рядные двигатели DB 603A-2 с перевернутым V-образным блоком цилиндров.