Церковь 1000 года нуждалась в реформировании во всех отношениях — политическом, моральном, догматическом. Движение за реформу Церкви началось еще в X веке одновременно в Лотарингии, Англии и Бургундии в недрах монашеских орденов, несомненно, более восприимчивых к переменам, чем белое духовенство, тесно связанное с интересами сеньоров. Уроженец Намюра Жерар де Бронь восстановил дисциплину во многих монастырях Лотарингии, и его пример вдохновил англосакса Дунстана, который, в свою очередь, поддерживал отношения с аббатством Флёри-сюр-Луар, испытавшим на себе влияние Клюни — аббатства, основанного в 910 году Берноном при поддержке герцога Аквитанского, которое восстановило и исправило по образцу предыдущего века старый бенедиктинский устав. В исправленном варианте он предписывал монахам, давшим тройной обет бедности, послушания и целомудрия, во всем придерживаться коллективной жизни — в дортуаре, трапезной и часовне. Тонзура и строго единообразное облачение стирали индивидуальные различия. Время делилось между молитвой и различными работами. Привычное зрелище представляла собой вереница монахов, отправлявшихся на поля с мотыгой или мешком зерна на плече или толкавших впереди себя тачку с навозом.
Во избежание вмешательства со стороны сеньоров Бернон отдал земли своего аббатства под покровительство Святого престола, и отныне даже в мирских делах оно не подчинялось никому, кроме римского понтифика; впоследствии и в духовном отношении Клюнийское аббатство вышло из-под юрисдикции епископов. Гуго Капет признал за клюнийскими монахами исключительное право выбирать своих аббатов. Находясь под управлением подряд нескольких выдающихся деятелей — Одона, Майеля, Одилона и Гуго, — Клюнийское аббатство процветало: к 1000 году оно насчитывало на территории современной Франции 15 своих обителей, число которых к 1050 году выросло до 30 и почти до 60 во второй половине XI века. Его влияние вскоре распространилось на всю Европу. Практикуя наиболее чистую форму монастырской жизни, оно вводило новые церковные праздники, например День Всех Святых, отмечаемый 1 ноября. Узы взаимопомощи связывали Клюнийское аббатство со многими королевскими и княжескими домами, которым оно помогало в установлении эффективной политической власти. Являясь очагами интеллектуальной работы, клюнийские обители вместе с тем содействовали, благодаря лучшему управлению и обмену практическим опытом, экономическому развитию регионов, в которых они находились, а тем самым — и повышению доходов местных сеньоров. В моральном плане клюнийская реформа, пропитанная рыцарским духом, отвечала основной тенденции своего времени, возбуждая энтузиазм в народных массах и тем самым еще крепче привязывая их к церкви.