Между тем изменилась сама концепция паломничества — возможно, под влиянием кельтских странствующих монахов и свойственной им практики покаяния, уже распространившейся по всей Европе. Период энтузиазма, связанного с постройкой христианского Иерусалима, сменился другим, отмеченным суровой дисциплиной покаяния: паломник воспринимался в первую очередь как кающийся грешник, чьи права и обязанности были строго регламентированы Церковью. Даже маршруты следования в Иерусалим и обратно прописывались все более четко — в первую очередь по соображениям безопасности. Вдоль дорог, главным образом в Италии, появлялись приюты и храмы второстепенного значения: там можно было найти ночлег и получить отпущение грехов. Если сопоставить многочисленные описания храма Воскресения того времени с теми, что были сделаны до нашествия персов, то можно понять, насколько значительным был ущерб, нанесенный священному зданию, и насколько поспешными — работы по его восстановлению. Зато рядом с Гробом Господним, как свидетельствует в 870 году один паломник, монах Бернард, существовал приют для странников — западноевропейских христиан: видимо, это тот самый приют, который был открыт по велению Карла Великого и с позволения халифа Харуна ар-Рашида. Он был построен вместе с церковью св. Марии, называемой «Латинской»: та располагалась недалеко от храма Гроба Господня, и службы в ней вели монахи из местного бенедиктинского монастыря.
Но Святой город недолго оставался в стороне от внутренних распрей в мире ислама. Помимо раздробления халифской власти, династической борьбы и вражды между суннитами и шиитами, на ситуацию на Ближнем Востоке оказывал влияние еще один исторический элемент, известный с библейских времен. Дело в том, что территория между восточным побережьем Средиземного моря и Иорданией, между Ливаном и Красным морем, — это место схождения многих караванных путей и пограничная зона, которую оспаривали между собой те, кто находился у власти в Сирии и Месопотамии, и те, кто правил в Египте. Этот затяжной конфликт снова обострился в конце X века, когда Египет стал столицей фатимидского халифата. Иерусалим довольно скоро попал под власть египетских шиитских халифов; один из них, ал-Хаким, которого считают основателем секты друзов, стал преследовать не только суннитов, но также иудеев и христиан: он закрыл синагоги и церкви, разорил монастыри, начал чинить препятствия паломникам. Наконец, в 1009 году он приказал разрушить церковь Воскресения и саму часовню Гроба Господня под куполом. Приказы халифа были исполнены не слишком старательно: возможно, тут сыграло роль сопротивление иерусалимских мусульман, которые в основном были суннитами и которым прекращение паломничества было невыгодно еще и с экономической точки зрения. Однако ущерб храму был нанесен, и немалый: это подтвердили археологические раскопки.