Задумав овладеть теми островами Филиппинской группы, куда он пристал, Магеллан поспешил «обратить в христианство» местного царька одного из этих островов, а затем объявил, что окрестные острова должны отныне повиноваться этому царьку. Остров Маутак (иначе Мотан) не пожелал подчиниться, Магеллан произвел высадку с целью приведения острова к покорности и здесь во время стычки был убит.
Испанцы спаслись бегством. Их корабли подошли к острову Борнео, а оттуда наконец к Молуккским островам. Еще один корабль они успели потерять за это время. Ни о каких завоеваниях уцелевшие на остальных двух кораблях команды не смели уже. конечно, и помышлять. Они направились от Молуккских островов через Индийский океан к Африке, обогнули ее вокруг мыса Доброй Надежды
19 мая 1522 г. и, идя к северу но Атлантическому океану вдоль западного берега Африки, вошли наконец осенью этого же года в испанские воды. Лишь один уцелевший корабль «Виктория» (из двух отошедших от Молуккских островов и пяти начавших за три года перед тем это путешествие) бросил якорь у берега Севильи. Первое во всемирной истории кругосветное путешествие было закончено. Люди обогнули земной шар в самой широкой его части — по экватору и близ экватора. Путешествие потребовало с небольшим три года.
Император Карл V (он же король испанский) достиг своей цели. и испанцы не переставали с тех пор оспаривать у Португалии права на владение если не всеми, то некоторыми из островов Молуккской группы; испанские торговые суда не переставали конкурировать с португальскими в вывозе драгоценных пряностей, а также драгоценных красящих веществ и дорогого пальмового дерева из этого далекого архипелага, так исключительно щедро одаренного природой.
Но несравненно важнее была другая сторона дела. Впервые географическая наука стала обретать сколько-нибудь прочное основание для дальнейшего развития. Впервые догадки и гипотезы античных мыслителей и некоторых смелых ученых, признававших шарообразность земли уже в XIV в., вдохновившие в свое время Колумба, превратились в полнейшую уверенность, в научно доказанный факт; после Магеллана продолжать считать землю плоскостью можно было, лишь умышленно одурманивая свой мозг религиозными суевериями и детскими сказками. Была неопровержимо доказана не только шарообразность земли, но и ее конечность, полная ее обособленность в пространстве, были созданы нужные психологические предпосылки к великому открытию Коперника, последовавшему через 20 лет после путешествия Магеллана. С точки зрения дальнейших открытий и расширения географических познаний путешествие Магеллана сыграло роль как бы огромной общего характера разведки, давшей пока еще только приблизительные, но уже не совсем гадательные понятия о величине Земли, о пространственных соотношениях между сушей и морем, в частности о колоссальном океане, отделяющем Америку от Азии.