20 декабря 1917 года была создана ВЧК, в которой кроме Феликса Эдмундовича работали Орджоникидзе, Ксенофонтов, Петерс, Лацис, Менжинский, Кедров, Уншлихт, Уралов, Мессинг, Манцев и другие.
Первый смертный приговор был вынесен контрреволюционеру, авантюристу и бандиту князю Эболи, выдававшему себя за работника ВЧК. Обзаведясь подложными бланками и печатями, князь-бандит производил обыски и присваивал себе огромные ценности. Цель была двойная: дискредитировать ВЧК в глазах населения и заодно обогатиться.
Началась битва за революцию. И невозможно перечислить заслуги Феликса Эдмундовича в этой грандиозной битве. Трудно назвать деятельность Дзержинского работой. Все то, что он делал, было его жизнью. Л. А. Фотиева вспоминает, что, вырвавшись из левоэсеровского плена и придя в Кремль, Дзержинский встретил Свердлова. Потрясенный вероломством заговорщиков, Дзержинский вдруг спросил у Якова Михайловича:
— Почему они меня не расстреляли? — И добавил: — Жалко, что не расстреляли, это было бы полезно для революции.
«Этими словами, — пишет Софья Сигизмундовна, — я полагаю, Феликс хотел сказать, что гибель его от рук левых эсеров была бы для германского правительства доказательством того, что убийство Мирбаха не было делом Советской власти, а делом ее врагов и это могло бы предотвратить войну с Германией, которую хотели спровоцировать левые эсеры».
Свердлов обнял Дзержинского за плечи и с нежностью сказал ему:
— Нет, дорогой Феликс, хорошо, очень хорошо, что они тебя не расстреляли. Ты еще немало поработаешь на пользу революции.
На V съезде Советов, докладывая о левоэсеровском мятеже, Дзержинский, ненавидевший всякую позу и тем более никогда не распространявшийся о себе и о своей деятельности, назвал мятеж «петушиным восстанием».
Глава ВЧК в самые тяжкие дни борьбы с контрреволюцией сказал жене:
— Когда все это кончится, мне бы очень хотелось, чтобы Центральный Комитет поручил мне работу в Народном комиссариате просвещения.
15 января 1920 года, еще до окончания сражений гражданской войны, было напечатано постановление ВЧК за подписью Дзержинского об отмене смертной казни по приговорам ВЧК и ее местных органов.
— Когда один из работников ВЧК ударил арестованного контрреволюционера, Дзержинский приказал судить этого работника и лично выступил против него обвинителем, — вспоминает бывшая сотрудница ВЧК М. М. Брослова.
Выступая в Большом театре на собрании, посвященном пятилетию ВЧК — ОПТУ, Феликс Эдмундович Дзержинский, обращаясь к чекистам, сказал:
— Кто из вас очерствел, чье сердце уже не может чутко и внимательно относиться к терпящим бедствие, те уходите из этого учреждения. Тут больше чем где бы то ни было надо иметь доброе и чуткое к страданиям других сердце.