Оккупация Боснии и Герцеговины Австро-Венгрией прошла на конгрессе более или менее гладко. Англия и Германия поддерживали Австрию, а Россия не могла отступить от обязательств, принятых ещё по Будапештской конвенции 1877 г. Турция возражала, но её голос не был принят во внимание. Очень раздражена была Италия, желавшая получить себе «компенсации» за усиление Австро-Венгрии. «На каком основании итальянцы требуют себе приращения территории? Разве они опять проиграли сражение?» — остроумно заметил один русский дипломат, намекая на территориальные приобретения Италии, полученные после войны 1866 г., невзирая на сокрушительное поражение при Кустоцце. Немцы и австрийцы предлагали Италии взять Тунис; впрочем, одновременно Бисмарк предлагал его также и французам.
Русские территориальные приобретения в Азии опять едва не привели к кризису конгресса. В англо-русском соглашении 30 мая было сказано, что Россия «займёт» Батум; и Солсбери и Биконсфильд использовали эту формулировку, чтобы утверждать, будто они не давали согласия на присоединение Батума, а согласились лишь на его оккупацию. В обмен за уступку в этом вопросе они требовали согласия России на английское толкование статуса проливов, стараясь добиться для английского флота доступа в Чёрное море. Солсбери объявил, то принцип закрытия проливов, установленный конвенциями 1841 и 1871 гг., носит характер обязательства держав перед султаном. Следовательно, это обязательство отпадает, в случае если сам султан пригласит в проливы тот или иной флот, о стороны русской делегации такое толкование встретило реальный отпор. Шувалов выступил с декларацией, в которой заявил, что обязательство о закрытии проливов державы приняли не только перед султаном, но и друг перед другом. Кончилась эта полемика тем, что Батум, равно как и Каре и Ардаган были всё же отданы России. Баязет остался за Турцией. Наконец, конгресс оставил в силе постановление Сан-Стефанского договора о Бессарабии, Добрудже, о независимости Черногории, Сербии и Румынии.
13 июля конгресс закончил свою работу подписанием Берлинского трактата, заменившего собой Сан-Стефанский договор. Россия была лишена значительной части плодов своей победы. «Защитники» Турции, Англия и Австрия, без выстрела захватили: первая — Кипр, вторая — Боснию и Герцеговину. Таким образом, существо Берлинского трактата сводилось к частичному разделу Турции. «Грабят Турцию», — так характеризовал Ленин Берлинский конгресс.