Контроль применения оружия велся с помощью фотоконтрольного прибора СШ-45-100-ОС.
Еще во время государственных испытаний конструкторы и военные столкнулись с одной серьезной проблемой. Из-за зависимости взлетной массы от температуры окружающего воздуха ее приходилось ограничивать. Уменьшалась соответственно и масса боевой нагрузки. Для ее увеличения пришлось сократить запас топлива на самолете, а следовательно, и радиус действия. Чтобы сохранить нормальную боевую нагрузку и увеличить дальность полета, пришлось на первые серийные машины установить упрошенный комплекс оборудования и вооружения. Кроме того, начали испытывать Як-38 на взлете с коротким разбегом (ВКР) и посадке с малым пробегом. При коротком разбеге существенно увеличивались боевая нагрузка машины и дальность полета за счет экономии топлива. Испытания на взлет с коротким разбегом проводились на земле, затем в 1979 г. на авианесущем крейсере «Минск». Не обошлось без аварий: при отработке на «Минске» режима ВКР в условиях повышенной температуры и влажности в Индийском океане погиб летчик-испытатель ЛИИ Олег Кононенко.
Хотя основным заказчиком Як-38 являлся Военно-морской флот, предполагалось использование самолета и с сухопутных аэродромов. Удачным примером служил английский «Харриер». Всесторонние испытания Як-38 в наземных условиях подтвердили возможность его эксплуатации в сухопутных войсках. Значительно расширились возможности машины при ее эксплуатации с мобильных площадок. Площадка являлась своеобразным передвижным аэродромом. Местоположение такого аэродрома могло меняться несколько раз в течение суток. Взлет самолета с мобильной площадки не отличался от взлета с палубы корабля. Посадка могла осуществляться в другом месте. После взлета площадка могла складываться и транспортироваться тягачом.
Для изучения возможностей использования самолетов Як-38 на гражданских судах типа «Роро» (контейнеровозы) были проведены специальные испытания. На верхнюю палубу контейнеровоза дополнительно уложили взлетно-посадочную площадку размером 18x23 м из плит с металлическим покрытием К-1Д. Посадка на нее оказалась несложной. На контейнеровозе «Николай Черкасов» летчиками морской авиации была освоена методика посадки и взлета с такой площадки. Испытания показали, что такие теплоходы могут быть использованы для доставки самолетов Як-38 на тяжелые авианесущие крейсеры в отдаленные районы Мирового океана.
Ограниченный радиус действия штурмовика, отсутствие возможности установки нового оборудования, вооружения и ряд других серьезных недостатков заставили конструкторов ОКБ Яковлева искать пути модернизации самолета. С конца 70-х годов началась проработка нескольких проектов. По одному из них, получившему первоначально шифр «ВММ» («ВМ» модернизированный), предполагалось установить на машину усовершенствованные двигатели с повышенной тягой, доработать воздухозаборники, крыло, стабилизатор, сделать управляемой переднюю стойку шасси, а главное – сделать возможной подвеску дополнительных баков с горючим. Предполагалось также использование нового оборудования и расширение ассортимента применяемого вооружения. Но другому проекту, получившему шифр «39» (иногда его еще называли Як-39), намечались замена двигателей силовой установки на более мощные, увеличение площади крыла, размещение нового прицельно-навигационного комплекса ПРНК-39 и радиолокационной станции. Это позволило превратить самолет в полноценный истребитель (предполагалось создание нескольких модификаций, в том числе и ударного самолета). Несколько позже развернулись проектные работы и по изделию «48» (будущий Як-41М, или Як-141).