Западные фирмы, создававшие самолеты вертикального взлета и посадки, на своем опыте познали трудности испытания этих машин, кончавшиеся нередко авариями. Не стал исключением и Як-38. Первая серьезная авария произошла в Саратове на заводском аэродроме 4 апреля 1975 г., когда летчик-испытатель ОКБ Михаил Дексбах облетывал третью машину второй серии. Посадка была совершена с одним работающим двигателем, так как второй не запустился. Самолет получил столь серьезные повреждения, что в дальнейшем не восстанавливался.
4 марта 1976 г. там же, в Саратове, потерпел катастрофу Як-38 военного летчика полковника Хомякова. Самопроизвольно сработала система катапультирования СК-ЭМ. 9 апреля 1977 г. в Научно-испытательном центре ВВС в Ахтубинске случилась авария с первой серийной машиной.
пилотируемой полковником Пешковым. Еще через год, 6 июня 1977 г., произошла первая катастрофа в Североморскс из-за поломки одной из поворотных насадок сопла подъемно-маршевого двигателя. На следующий день в г. Саки капитан Новичков вынужден был катапультироваться из второй машины третьей серии – разорвалась одна из труб рулевого управления. Много аварий, начиная с октября 1978 г., произошло на крейсере «Минск». С января 1979 г. по сентябрь 1980 г. разбилось семь самолетов. Управляли ими не только военные летчики, но и пилоты фирмы. 27 декабря 1979 г. при выполнении взлета с палубы с коротким разбегом из-за неповорота сопловой насадки подъемно-маршевого двигателя упал в море двухместный Як-38У, пилотируемый Дексбахом и Кононенко. После катапультирования из воды Дексбаху повезло больше – он приземлился прямо на палубу. Кононенко пришлось воспользоваться спасательной экипировкой.
Однако для объективности необходимо сравнить статистику аварий английского самолета «Харриер» и советского Як-38. С 1969 по 1980 г. в эксплуатацию поступил 241 «Харриер». За этот период произошли 83 катастрофы, при которых 57 машин разрушились полностью и погибло 25 пилотов. С 1974 по 1980 г. в авиационных частях флота находились 115 Як-38, из которых 16 потерпели аварию (погибло четыре пилота). Поэтому вывод о надежности советского палубного штурмовика лучше делать с оглядкой на «Харриер».
Штурмовики Як-38 проходили войсковые испытания не только на Крайнем Севере и жарком Юге, но и в высокогорных условиях. Четыре машины в апреле 1980 г. были отправлены в Афганистан и находились там до середины лета. Летчик ОКБ Ю. Митиков вместе с несколькими военными пилотами отрабатывали взлеты, посадки, полеты по полному профилю в условиях низкого давления и высокой температуры окружающего воздуха. После испытаний сделали вывод о невозможности использования штурмовика с имеющейся силовой установкой в высокогорных условиях.