Ставка ВГК, ЦК КП(б)У и УШПД не всегда считались с особенностями партизанской войны. В условиях экстремального развития обстановки на фронтах нередко перед партизанскими формированиями Украины ставились нереальные боевые задачи, выполнение которых вело к неоправданным потерям и подрыву морального духа партизан, в итоге — к снижению их боеспособности. Так, рейды в глубокий тыл противника партизанских формирований М.И. Наумова (февраль — апрель 1943 г.) и A.C. Ковпака (июнь — сентябрь 1943 г.) не были поддержаны действиями других партизанских соединений, как это первоначально планировалось, не были обеспечены поставками оружия и боеприпасов, из-за чего не достигли поставленных оперативных целей, хотя военно-политическое значение их было очевидным. После Карпатского рейда Сумского партизанского соединения A.C. Ковпака, когда перед соединением в конце 1943 г. была поставлена задача готовиться к новому рейду на Западную Украину, часть кадровых партизан и командиров, под предлогом состояния здоровья и возраста, потребовала отпусков и демобилизации, фактически устранилась от участия в весьма опасном мероприятии.
Недостаточной и нередко малопродуктивной была партийно-политическая деятельность коммунистического подполья и партизан Украины среди местного населения с целью локализации антисоветских настроений и вовлечения патриотических элементов в ряды партизанского движения. Безуспешной в целом оказалась попытка отвратить местное украинское население западных областей от поддержки ОУН-УПА и привлечь его на сторону партизан.
Не всегда, к сожалению, складывались у украинских партизан доверительные отношения с местным населением. Несанкционированные изъятия продовольствия, грабеж имущества граждан, нередко насилие над женщинами подрывали авторитет партизан. Борьба с этими пороками хоть и проводилась, но была далека от того, чтобы их искоренить.
Имели место немалые изъяны в нравственном состоянии партизан. Формальный подход к политико-воспитательной работе, слабый авторитет некоторых политработников и командиров способствовали злоупотреблению алкоголем, аморальному поведению части личного состава, в том числе командиров и комиссаров.
Партизанская среда не была свободна от внутренних конфликтов между командирами разных уровней и рангов, от парада авторитетов, взаимных жалоб и упреков, а нередко и от измышлений. В ряде случаев партизанское командование выражало недовольство работой аппарата УШПД, обвиняя некоторых его сотрудников в игнорировании потребностей партизан. На практике это приводило к взаимному недоверию, уклонениям от выполнения боевых приказов и заданий, снижало активность и результативность партизанской борьбы.