19 марта 1941 года руководство «ФЛА» направило во все подпольные группы директиву, в которой излагались подробные указания, как надо действовать с началом войны и, в частности, «занимать мосты, железнодорожные узлы, аэродромы, фабрики и др. Немедленно арестовывать местных коммунистов и других советских активистов. Передать евреям, что их судьба ясна. Заберите их имущество в свои руки».
К ее выполнению члены «ФЛА» и те, кто к ним примкнул, приступили на второй день Великой Отечественной войны. Резко возросла численность организации. По данным отдельных историков, она достигла ста тысяч человек. На улицах появилось множество людей с белыми нарукавными повязками. Они хватали евреев, коммунистов, комсомольцев, членов семей военнослужащих Красной Армии, сотрудников учреждений и др. — всех тех, кого они считали противниками независимости Литвы. Начались массовые самосуды. Фактически «ФЛА» захватила власть в республике и поспешила заявить о создание Временного правительства во главе с Казисом Шкирпой, который должен был приехать из Германии.
Первым актом Временного правительства была раболепно холуйская телеграмма Адольфу Гитлеру: «…Представители общественности свободной Литвы шлют Вам, Вождю Немецкой нации, глубочайшую искреннюю благодарность за освобождение Литвы от губительной еврейско-большевистской оккупации и за спасение литовского народа. Ваш гений обусловит участие литовской нации в возглавляемом Вами победном походе за уничтожение иудаизма, большевизма и плутократии… за сохранение западноевропейской культуры и за претворение в жизнь нового порядка в Европе».
Был принят политический «Меморандум о правовом положении Литвы и фактических отношениях после окончания большевистской оккупации». В нем первой строкой была выражена благодарность: «канцлеру рейха Великой Германии Адольфу Гитлеру и его доблестной армии, освободившей территорию Литвы».
Впрочем, Казис Шкирпа так и не смог насладиться результатом своей деятельности. Немцы поместили его под домашний арест, а в начале августа 1941 года Временное правительство прекратило свое существование.
Эффективность работы советской контрразведки в предвоенные годы и в период Великой Отечественной войны были вынуждены признать руководители германской армии и разведки.
Бывший начальник штаба верховного главнокомандования вооруженных сил Германии генерал-фельдмаршал Вильгельм Кейтель во время военного трибунала в Нюрнберге на поставленный вопрос: «Какими разведывательными данными о Советском Союзе вы располагали до войны и из каких источников эти данные поступали?» — ответил: