Клеопатра вынуждена была признать, что на столь долгое время ее не хватило бы, и если бы не поддержка Цезаря, она давно поддалась бы отчаянию. Царица искренне молилась Исиде, чтобы война за трон стала последней войной в ее жизни и чтобы ей никогда не пришлось брать на себя роль полководца.
Каждый день Клеопатра проводила рядом с Цезарем, следуя за ним словно тень, впитывая его мысли, решения, поступки. Она даже начала перенимать его жесты, чем привела Аполлодора в большое недоумение. Все в Цезаре восхищало царицу: глубокий и острый ум, находчивость, щедрость и великодушие. Огромная внутренняя сила Цезаря и его несокрушимая воля вселяли уверенность в то, что его невозможно одолеть. Каждый свой поступок, каждое решение она меряла его мерой, ведь ей так хотелось быть ему подобной! По дворцу поползли слухи о том, что римлянин приворожил молодую царицу, дабы превратить Египет в свою провинцию. Недоверие, которое питала александрийская знать к самой странной дочери Птолемея Авлета, только умножалось. И если ранее у Клеопатры были немногочисленные сторонники, то после того, как открылась их связь с Цезарем, царица их окончательно потеряла.
На восьмой месяц войны на помощь Цезарю пришел его друг и царь Митридат Пергамский. Решающее сражение произошло у Мареотийского озера. Египетская армия была разбита. Кровавая междоусобная война, начавшаяся с семейного конфликта, который затем был вынесен за стены дворца и вовлек в себя армию и народ, закончилась блестящей победой Цезаря и Клеопатры. Арсиноя и Ганимед попали в плен, а позже были отправлены в Рим. При попытке бегства старший Птолемей утонул в Ниле, тем самым повторив судьбу своего старшего брата Александра. Население Александрии вышло навстречу римлянам, неся статуи богов, чтобы сдаться на милость победителя.
Из большой семьи Птолемеев в Александрии остались только Клеопатра и младший Птолемей, которому на тот момент исполнилось двенадцать лет. Согласно древним традициям, молодая вдовствующая царица не имела права царствовать одна. Поэтому ей ничего не оставалось, как выйти замуж за последнего из рода Птолемеев – Птолемея XIV, своего младшего брата. Все понимали, что этот брак – лишь дань старым обычаям, а на деле Клеопатра стала единоличной правительницей Египта. Она чеканила монеты только со своим изображением и подписывала законы и указы только своим именем. После окончания александрийской войны никто из придворных уже не осмеливался выступать против любовной связи Клеопатры и Цезаря. Более того, они стали жить открыто, презрев мнение окружающих.