Несомненную нравственную направленность имеет и учение пифагорейцев о переселении душ. Душа, будучи божественной по природе, за свои прегрешения заключена в тело; со смертью тела она переходит в тело другого человека или животного (возможно, и растения). Чтобы спасти душу, вырвать ее из этого круговорота воплощений, и создается орден, членам которого предписывается определенный образ жизни, являющийся одновременно способом нравственного очищения.
Каковы особенности этого образа жизни? Прежде всего он предполагает признание безусловного авторитета основателя союза, который даже считается особым существом - богочеловеком. Пифагору приписывались нечеловеческие свойства (он умел разговаривать с животными, в одно и то же время мог быть в двух разных местах, у него было золотое бедро и т. п.), само общение с ним имело форму таинства ("акусматики": ученики-пифагорейцы первой ступени, длившейся много лет, имели право только слышать голос Пифагора, но не могли видеть его лица). Законы и предписания Пифагора члены ордена "соблюдали ненарушимо, как божественные заповеди" (59, 419). Для всех пифагорейцев были обязательны многочисленные запреты: не есть бобов, не ломать хлеба, не мочиться, повернувшись лицом к солнцу, не оставлять следы горшка на золе и т. п. Они осуществляли ежедневные совместные религиозные обряды, а также занятия - музыкой, гимнастикой, науками. Для поступления в пифагорейский союз требовался длительный (до 5 лет) испытательный срок период молчания. От истого пифагорейца требовалось благоговение перед богами, родителями, старшими, наставниками, покорность судьбе, любовь к отечеству, подчинение законам, традициям, требованиям справедливости, верность в дружбе и браке, кротость и уживчивость, отвращение к чувственным удовольствиям, физическая выносливость, умеренность и простота, благоразумие и самообладание, ежедневный контроль над чистотой жизни. Весь образ жизни пифагорейского ордена, как и принятые в нем нравственные требования, предполагает и формирует такого индивида, который сознательно, путем постоянных волевых усилий подчиняет себя определенным извне заданным нормам и целям поведения.
Обращает на себя внимание тот факт, что эти предписания теоретически не обоснованы, внутренне не систематизированы, а детально разработанный образец поведения достаточно произволен. В самом деле, почему нельзя есть бобов, почему нужно быть кротким и молчаливым, уничтожать след горшка на золе и т. д. ? Объяснение этому пытались найти еще древние авторы. По поводу нормы "не есть бобовых", например, они высказывают самые разные мнения: пифагорейцы не ели бобов потому, что считали, будто бобы возникли из того же перегноя, что и люди; от них в животе сильный дух; они подобны срамным членам; ими бросают жребий и т. п. Само обилие этих мнений свидетельствует о том, что разумные, причинно-следственные объяснения здесь весьма затруднительны.