Статус ведомственных учреждений в настоящее время недостаточно регламентирован, и наличие подобных учреждений вызывает до сих пор споры в обществе.[19]
К муниципальной системе здравоохранения, в соответствие со ст. 13 Основ, могут относиться органы местного самоуправления, уполномоченные на осуществление управления в сфере здравоохранения, а также находящиеся в муниципальной собственности медицинские, фармацевтические и аптечные организации, которые являются юридическими лицами.
На муниципальном уровне обеспечение охраны здоровья населения осуществляется муниципальными органами управления здравоохранением, которые несут ответственность в пределах своей компетенции. А именно, они несут ответственность за санитарно-гигиеническое образование населения, обеспечение доступности населению гарантированного объема медико-социальной помощи, развитие муниципальной системы здравоохранения на подведомственной территории, осуществляют контроль качества оказания медико-социальной и лекарственной помощи предприятиями, учреждениями и организациями государственной, муниципальной и частной систем здравоохранения, а также лиц, занимающимися частной медицинской практикой.
Особенностью муниципального здравоохранения сегодня стало появление в его системе множества новых видов учреждений или структур: дневные стационары, микрополиклиники, дома сестринского ухода, хосписы, подразделения врачей общей практики и др. Одним из ведущих направлений реформирования муниципального здравоохранения явилось смещение акцента со стационарной на менее затратную амбулаторно-поликлиническую помощь.
Перестройка муниципального здравоохранения связана с необходимостью упорядочения (но не ликвидации) ведомственной медицины; правового регулирования статуса медучреждений (сейчас создается много структур с нечетко определенным статусом); решения проблемы обеспечения населения специализированными видами медицинской помощи (по мере расширения практики семейных врачей необходимость в узких специалистах возрастет).
В России в качестве гарантии права на свободное развитие в сфере охраны здоровья предусмотрен такой конституционный институт, как частная система здравоохранения, формирование которой сдерживается за счет коммерциализации государственных лечебных учреждений, прежде всего специализированных и высокотехнологичных центров.
К частной системе здравоохранения относятся лечебно-профилактические и аптечные учреждения, имущество которых находится в частной собственности, а также лица, занимающиеся частной медицинской практикой и частной фармацевтической деятельностью. В частную систему здравоохранения входят медицинские и другие организации, создаваемые и финансируемые юридическими и физическими лицами (ст. 14 Основ).