Остаются открытыми вопросы обеспечения деятельности учреждений здравоохранения, сохраняющих статус бюджетных. Останутся ли за ними право на оказание платных услуг, осуществления предпринимательской и иной деятельности, приносящей доходы, что разрешено Гражданским Кодексом РФ, а также право самостоятельного распоряжения внебюджетными доходами? Если эти нормы не сохранятся, то можно сделать вывод, что в условиях постоянного недофинансирования, государство полностью лишает бюджетные учреждения права искать и использовать дополнительные источники финансирования. Это можно трактовать так, что в принудительном порядке создаются предпосылки для существенного сокращения количества бюджетных учреждений, т. к. учреждения, способные оказывать конкурентоспособные услуги, в том числе и на платной основе, считаются фактически вышедшими из режима бюджетного финансирования по смете доходов и расходов и, соответственно, должны быть реорганизованы в иные организационно-правовые формы. Соответствующим законом или подзаконным актами должен быть рассмотрен и тот факт, что реформирование сети учреждений может привести к высвобождению большого числа работников отрасли, на переобучение, трудоустройство и социальное обустройство которых потребуется значительный объем финансовых средств.
При этом необходимо учитывать, что законодательные и нормативные акты по оплате труда, пенсионному обеспечению, коммунальным и другим льготам распространяются только на работников государственных (муниципальных) учреждений.
Не исключен и тот факт, что уменьшение числа государственных бюджетных медицинских организаций, т. е. организаций, за ведение основной деятельности которых несет ответственность государство, может привести к тому, что у лечебных учреждений, оставшихся в государственной (муниципальной) собственности не хватит мощности для полноценного обеспечения граждан бесплатной медицинской помощью, что может привести к ограничению доступности медицинской помощи и невозможности реализации конституционных прав граждан на ее получение и в целом к усилению социальной напряженности в стране.
Кроме того, следует отметить, что по поводу законопроекта «Об автономных учреждениях» высказывались опасения, которые сводятся к тому, что он, открывает много возможностей для скрытой приватизации и приватизации путем искусственного банкротства.
Формально новые организационно-правовые формы не имеют никакого отношения к приватизации: собственность остается государственной (муниципальной). Кроме того, по действующему законодательству приватизация медицинских учреждений не допустима в следующих формах: