Невозможно модернизировать ту или иную сферу без наличия четкой, слаженной, целенаправленной, хорошо организованной и эффективной деятельности органов государственного управления, на которые возложено воплощение в жизнь реформы здравоохранения. В связи с этим, они наделены большим кругом обязанностей. Например, для формирования системы управления национальными проектами, в том числе национальным проектом «Здоровье», необходимо четко определить сами параметры проектных мероприятий, распределить персональную ответственность и региональных, и местных властей, при этом установить точные сроки и объемы финансирования по конкретным мерам и, что крайне важно, о чем уже было сказано, окончательно оформить нормативную базу для начала работы.[28] В развитие указанных положений, Правительством РФ были приняты Распоряжения: № 38-р от 19 января 2006 г. «О Программе социально-экономического развития Российской Федерации на среднесрочную перспективу (2006–2008 годы)», «О плане действий Правительства Российской Федерации по реализации в 2006 году положений Программы социально-экономического развития Российской Федерации на среднесрочную перспективу (2006–2008 годы)», а также № 1926-р от 14 ноября 2005 г. « Об утверждении плана подготовки первоочередных актов по реализации приоритетных национальных проектов, решения по которым необходимо принять в 2005 году и в I квартале». Проблемы управления приоритетным нацпроектом «Здоровье» в настоящее время регулируются в соответствии с Приказом Минздравсоцразвития РФ № 187 от 22 марта 2006 г. « О системе управления приоритетным национальным проектом в сфере здравоохранения».
Несмотря на это, очевидным является то, что решить все эти вопросы в ближайшее время и в полном объеме невозможно, однако государственные органы исполнительной власти должны уделять этой проблеме большее внимание, если они намерены решить ее быстро и эффективно. Это одна из задач, стоящих перед Правительством РФ и органами государственного управления субъектов.
Контроль работы, осуществляемой в рамках национального проекта осуществляет сам Президент РФ. В частности, Государственный совет «О первоочередных мерах по реализации приоритетных национальных проектов» периодически проводит заседания с участием Председателя Правительства РФ и Президента РФ, где обсуждаются меры по реализации приоритетных национальных проектов, проблемы, возникающие в связи с их реализацией, а также предлагаются пути разрешения возникших проблем. Кроме того, Указом Президента от 24 января 2006 г. № 24-рп,