Прежде всего, тезис о несостоятельности редукционизма как универсального научного метода должен быть доказан в принципе. А это – вопрос не просто о методе, о способе научно-теоретического анализа. Этот вопрос касается прежде всего содержания знания. Как метод редукционизм вполне приемлем в тех или иных отдельных случаях. Но редукционизм есть главным образом теория, притом философская теория, состоящая в признании лишь какого-либо одного класса существенных определений и в отрицании всяких иных определений. С этой точки зрения редукционизм может быть опровергнут только путем доказательства реального существования сущностей различного уровня, не сводимых друг к другу.
Проблема эта не допускает компромисса. Суть вопроса заключается не в том, применимы или неприменимы методы одной научной дисциплины в области другой, а в понимании самой этой области, т.е. не в способе или методе ее исследования, а именно в содержании. Представляет ли собой предмет науки некоторую самостоятельную сущность, или он эпифеномен, побочная формация какой-то иной реальности, лежащей в области компетенции другой науки. Решение вопроса поэтому не может основываться на признании того, что каждая наука имеет право судить о предмете «со своей точки зрения», следствием чего должна быть известная терпимость дисциплин в отношении друг друга. «Точка зрения» науки должна быть объективно обоснована природой той реальности, к которой она обращается, должны быть указаны объективные критерии позволяющие (или не позволяющие) применить методы одной науки к предметной области другой.
В неявном виде это предполагает соответствующее истолкование самой данной предметной области, ее моделирование, преобразование, замещение. Такое преобразование неизбежно. Важно лишь, чтобы условия этого преобразования были выставлены явно, что позволило бы не придавать абстрактным истинам редукции конкретного значения. В сущности говоря, «методологический редукционизм» всегда подменяет предмет исследования своим собственным предметом, растворяя в своих абстрактных определениях специфическую определенность исследуемого явления. В этом случае говорят, что теория исследует предмет «с точностью до изоморфизма». Если это лишь частный прием, не подменяющий собой конкретное исследование в целом, то он не может вызывать принципиальных возражений. Хуже, когда этим приемом исчерпывается познание конкретности.
Атомистический редукционизм представляет собой именно последний, неприемлемый, вариант.
Конструктивная критика редукционизма предполагает решение весьма серьезных логических проблем, экспозицию которых мы сейчас постараемся дать.