Но вот случилось так, что в 16 веке огромная ветвь христианства отказалась от руководства Церковного Предания, всего богатства древней Церкви, оставив у себя, как источник и руководство веры одно свящ. Писание — Библию в ее двух частях Ветхого и Нового Заветов. Так поступило протестантство. Отдадим ему должное: оно загорелось жаждой живого слова Божия, оно полюбило Библию. Но оно не учло того, что священные Письмена собраны Церковью и принадлежат ей в ее исторической апостольской преемственности. Оно не приняло во внимание, что как вера Церкви освещается Библией, так в свою очередь Библия освещается верой Церкви. Одна требует другую и опираются друг на друга. Протестанты отдались со всем упованием изучению одного Священного Писания, надеясь, что, следуя точно по его пути, они увидят этот путь настолько ясным, что уже не останется повода к разномыслию в вере. Библия, состоящая на три четверти из Ветхого Завета, стала настольной книгой. Они исследовали ее до мельчайших подробностей, проверили по древне-еврейским текстам, однако, при этом у них стало теряться соотношение ценностей Ветхого и Нового Заветов. Оно представилось им, как два равных источника одной веры, взаимно дополняющих один другой, как две равных стороны ее. У некоторых групп протестантства появился взгляд, что при количественном преобладании книг Ветхого Завета он занимает первое место и по значению. Так появились иудействующие секты. Они стали ставить ветхозаветную веру в Единого Бога выше монотеизма Нового Завета с его богооткровенной истиной о Едином Боге во Святой Троице; заповеди Синайского законодательства более важными, чем евангельское учение; субботы важнее воскресенья.
Другие, если и не пошли по пути иудействующих, то не сумели различить самого духа Ветхого Завета от духа Нового, духа рабства от духа сыновства, духа закона от духа свободы. Под впечатлением некоторых мест ветхозаветных Писаний они отказались от той всеобъемлющей полноты богопочитания, которая исповедуется в христианской Церкви. Они отвергли внешние формы духовно-телесного поклонения, и в частности уничтожили у себя символ христианства — крест и другие священные изображения. Этим они подвигли себя осуждению Апостола: «Как же ты — гнушаясь идолов, святотатствуешь?» (Рим. 2:22).
Третьи, смущенные или простотой повествования древних сказаний, или суровым характером древности, особенно проявившимся в войнах, иудейским национализмом или другими чертами дохристианской эпохи, стали относиться критически к этим сказаниям, а затем и к самой Библии в ее полном объеме.