Выход на политическую сцену арабов серьезно изменил общую ситуацию. Их вторжения начались в 640 году, и в 652 году армянский военачальник Теодор Рштуни был вынужден признать сюзеренитет арабов.
С возобновлением войны между византийцами и арабами города и провинции неоднократно переходили из рук в руки противоборствующих империй. Ситуация усложнилась разногласиями в рядах нахараров, одни из которых отдавали предпочтение византийцам, а другие становились на сторону арабов, вначале проявлявших себя более либеральными властителями, чем греки. Сирийский историк Дионисий из Тель-Мара, который был в Армении в 716–717 годах, утверждает, что страна, когда-то отличавшаяся множеством жителей, обилием виноградников, засеянных злаками полей и роскошных садов, была пустынной и безжизненной. Арабское правление стало более жестоким, когда Аббасиды свергли династию Умайадов, и бунты были безжалостно подавлены. Многим нахарарам вместе с семьями и сторонниками пришлось искать убежища на византийских землях. Этот массовый исход имел самые серьезные последствия. Причем они заключались не только в том, что люди лишились своих предводителей и защитников. Покинутые земли немедленно населили мусульманские эмигранты. Так появился ряд арабских эмиратов, ставших преградой для объединения страны после ее освобождения от иностранного ига.
Война между арабами и Византией возобновилась в середине IX века, и успехи византийских армий благоприятствовали тем, кто, как армяне и грузины, страдали от арабского угнетения. Армянское восстание 851 года было подавлено только после долгой и отчаянной борьбы, и все нахарары были отправлены пленниками в Самарру. Но по мере победоносного наступления византийцев страх перед другими восстаниями вынудил арабов выбрать более мягкую политику по отношению к армянам. В 861 году калиф освободил нахараров и назначил Ашота Багратуни «князем князей Армении, Грузии и земель Кавказа». Этот титул, помимо всего прочего, давал право устанавливать налоги.
Багратуни – знатная феодальная династия того времени. Они не участвовали в армянском восстании 774–775 годов и сохранили свои земли и положение. Калифату была необходима помощь Багратуни против арабских эмиров Армении, стремившихся к независимости, поэтому Гарун аль-Рашид пожаловал главе дома титул князя Армении и назначил младшего брата генералом армянских вооруженных сил. С тех пор семейство Багратуни постепенно увеличивало свое благосостояние, а их владения раскинулись от Тарона на юго-западе Армении до провинций Ширак и Аршаруник на севере. После смерти главы семейства Мамиконян он стал обладателем провинции Багреванд. В это же время он вступил в союз и установил дружеские отношения с семейством Артструни из Васпуракана и феодалами восточной провинции Сюник. Более того, его поддерживал глава церкви – католикос, резиденция которого находилась в его владениях. В 885–886 годах собрание нахараров и высшего духовенства избрало его царем Армении. Калиф подтвердил это избрание, прислав Багратуни корону, хотя все еще продолжал считать армян своими вассалами и требовать дань. Ашот был достаточно осторожен, чтобы держаться подальше от войны между Византией и арабами, и вскоре после своего избрания получил корону еще и от императора Василия I, также армянина.