Результаты допущенных руководством страны ошибок не замедлили сказаться. 14 февраля 1901 года прибывший из Германии террорист-одиночка П.В. Карпович смертельно ранил министра народного просвещения Н.П. Боголепова. 18 и 21 марта 1902 года были совершены два неудачных покушения террористов-одиночек на московского обер-полицмейстера Д.Ф. Трепова. Используя благоприятную ситуацию, инициативная боевая группа эсеров во главе с Гершуни в 1902 году начала подготовку к покушению на министра внутренних дел Д.С. Сипягина, обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева и петербургского градоначальника Н.В. Клейгельса.
На роль исполнителей были выбраны сын народовольца В.А. Балмашёва, С.В. Балмашёв, а также поручик артиллерии Е.К. Григорьев и его невеста Ю.Ф. Юрковская. Подготовка к покушению происходила на территории Финляндии. Балмашев-младший ранее привлекался к ответственности за антигосударственную деятельность, но был освобожден из-под стражи под надзор полиции. Одетый для маскировки в офицерскую форму, он изображал прибывшего с пакетом адъютанта великого князя Сергея Александровича. 2 апреля Балмашев беспрепятственно вошел в кабинет Сипягина и произвел два выстрела в упор, смертельно ранив министра. Как показало вскрытие, извлеченные из тела министра пули оказались крестообразно распилены. Григорьев и Юрковская от проведения теракта во время похорон Сипягина отказались.
Убийство Сипягина привело к тому, что Гершуни получил от ЦК ПСР исключительные полномочия на осуществление террористической деятельности. В статье «Террористический элемент в нашей программе» В.М. Чернов писал, что Боевая организация «получает от партии – через посредство ее центра – общие директивы относительно выбора времени для начала и приостановки военных действий и относительно круга лиц, против которых эти действия направляются. Во всем остальном она наделена самыми широкими полномочиями и полной самостоятельностью… Она имеет вполне обособленную организацию, особый личный состав (по условиям самой работы, конечно, крайне немногочисленный), отдельную кассу, отдельные источники средств»[10].
В мае 1902 года ЦК ПСР в лице Гоца, Чернова и Гершуни принял решение расширить применение террора и приблизить террор к массам. В качестве «объектов» были выбраны виленский, уфимский и харьковский губернаторы – по мнению эсеровских лидеров, наиболее одиозные «сатрапы». 29 июля при выходе из театра было совершено покушение на харьковского губернатора И.М. Оболенского. 6 мая 1903 года в общественном саду Уфы двумя членами Боевой организации ПСР был убит уфимский губернатор Н.М. Богданович.