Указанный выше приговор в отношении Серебрянского в исполнение не был приведен в связи с тем, что 9 августа 1941 г. Президиумом Верховного Совета СССР Серебрянский был амнистирован, а после отмены 27 декабря 1954 г. решения об амнистии Серебрянского последний, находясь под стражей в связи с арестом по другому делу, 30 марта 1956 г. умер (дело 0087, т. 3, л.д. 275–291).
В качестве доказательств вины Серебрянского Я.И. к делу приобщены выписки из протоколов допросов арестованных по другим делам Абезгауза Д.М., Сыркина А.И., Буланова П.П., Алехина М.С., Волкова Ю.И., Турыжникова А.Н., Успенского А.И., Перевозникова С.М., Ярикова М.С., Серебрянской П.Н. и выписка из протокола очной ставки между арестованными Реденсом С.Ф. и Ежовым Н.И. (дело Н-15222 л.д. 275–359).
Материалы уголовного дела на Серебрянского и данные дополнительного расследования, проведенного в связи с жалобой его жены, свидетельствуют о том, что обвинение Серебрянского в антисоветской деятельности объективными доказательствами не подтверждено, ввиду чего приговор о нем подлежит отмене, а дело прекращению по следующим основаниям.
Серебрянский, как это видно из материалов дела, на допросе в судебном заседании Военной Коллегии Верховного Суда СССР виновным себя в шпионской и иной изменнической деятельности не признал, показания, данные им на допросах в процессе предварительного следствия, где говорилось о признании им своей вины, отрицал и заявил, что вынужден был себя оговорить в результате применения мер физического воздействия (дело №-15222 л.д. 410).
Отрицал Серебрянский обвинение его в принадлежности к заговорщической организации, якобы существовавшей в органах НКВД, а также в шпионаже и в процессе следствия, проводившегося по его делу в 1953–1956 гг. (дело 0087, том 1, л.д. 48, 130–131, 142, 153, 167).
Осмотром архивно-следственного дела по обвинению Ягоды Г.Г., якобы завербовавшего Серебрянского в заговорщическую организацию, установлено, что Серебрянский Я.И., по показаниям Ягоды, как участник такой организации не проходит (дело 0087, том 3, л.д. 222).
Показания арестованных по другим делам – Буланова П.Д., Алехина М.С., Успенского А.И. и Ярикова М.С., выписки из протоколов допросов которых приобщены к данному деду, не могут быть положены в основу обвинения Серебрянского в антисоветской деятельности, поскольку они не содержат конкретных сведений о заговорщической или иной преступной деятельности Серебрянского Я.И. (дело Н-15222, л.д. 281, 344–348, 287–290, 319, 324–333).
Буланов, как усматривается из протокола осмотра его уголовного дела, на допросе в суде в числе участников заговора, возглавляемого Ягодой, Серебрянского не назвал (дело 0087, том 3, л.д. 227).