Система явок, действовавшая по принципу «обезьяньего моста», нередко дублировалась. При провале вступала в работу «спящая сеть», которая в случае провала основной явки мгновенно расконсервировалась.
Для обеспечения конспирации широко применялась шифрованная переписка. В текст письма вставляли заранее разработанные условные фразы, содержание которых могли понять только лица, имевшие соответствующую кодовую таблицу. Широко использовались симпатические (невидимые) чернила, проступавшие поверх обычного текста после специальной обработки. Текст, написанный симпатическими чернилами, мог быть еще и зашифрован. Для большей надежности в партийной переписке использовалась также система контейнеров и тайников.
Чтобы успешно противодействовать полиции и спецслужбам Российской империи, тщательно изучались и обобщались методы их работы. Особое внимание уделялось способам выявления наружного наблюдения и приемам ухода от слежки.
Революционеры имели свои группы наружного наблюдения и контрнаблюдения, обеспечивавшие безопасность членов подпольных организаций, особенно во время собраний партийного актива. Практиковалось наблюдение за известными сотрудниками полиции и жандармерии с целью выявления конспиративных квартир и секретной агентуры. Как и в государственных структурах, у подпольщиков были специальные группы, осуществлявшие физическую охрану партийных активистов, прежде всего во время митингов, маевок и других массовых мероприятий, когда существовала реальная угроза ареста с поличным.
Профессиональные революционеры, хорошо известные полиции, часто находились на нелегальном положении. Нелегала следовало обеспечить фальшивыми документами, которые делились на категории в зависимости от качества. Самыми надежными являлись настоящие паспорта, выданные реальным лицам и попавшие в руки подпольщиков. Использовались паспорта умерших и дубликаты настоящих паспортов, иногда выписанные без ведома владельца. Некачественными считались паспорта с вымышленными данными. Бланки паспортов покупались у чиновников, похищались в полицейских участках или изготовлялись. Наиболее опытные партийные работники имели в запасе несколько паспортов, выписанных на разные фамилии, в том числе иностранных.
Каждый нелегал имел партийный псевдоним. Псевдонимы часто менялись. Использование разных (и особенно новых) псевдонимов позволяло на определенный срок вводить в заблуждение сотрудников полиции и специальных служб.
После 1907 года одним из основных методов обеспечения безопасности подпольщиков стало выявление полицейской агентуры и предотвращение ее внедрения в организации. У партии социалистов-революционеров основным контрразведывательным органом было бюро В.Л. Бурцева, с которым контактировали многие изменившие присяге обиженные представители российского политического сыска.