Цензурой были изъяты: во 2-й части строки 250–253, 323–335, 348–355, 360–363; в 3-й части — строки 456–459, слова «под ножами» в строке 467 («Пускай земле под ножами припомнится»), 474–475, 501–505; в 4-й части — строки 620–623, 630, 668–708. Кроме того, в ряде строк были изъяты отдельные слова: «богоматерь», «евангелие», «апостол», «Иисус Христос», «господин бог».
В 1916 году поэма была перепечатана в сборнике «Простое как мычание» (изд. «Парус», руководимое М. Горьким) с меньшим, но все же значительным числом цензурных изъятий. После свержения самодержавия Маяковский напечатал в журн. «Новый Сатирикон», № 11, 17 марта 1917 года не пропущенные ранее цензурой отрывки из 2-й и 3-й частей поэмы под заглавием «Восстанавливаю» и со следующим предисловием: «Моя книга «Облако в штанах» была послана в цензуру под первоначальным названием «Тринадцатый апостол». Помещаю из этой изуродованной в первом и кастрированной во втором издании книги — 75 строк».
Полностью с восстановлением всех изъятых цензурой мест поэма вышла в начале 1918 года в Москве под маркой организованного Маяковским издательства «Асис» (Ассоциация социалистического искусства). В предисловии к этому изданию Маяковский писал: «Облако в штанах» (первое имя «Тринадцатый апостол» зачеркнуто цензурой. Не восстанавливаю. Свыкся) считаю катехизисом сегодняшнего искусства; «Долой вашу любовь», «долой ваше искусство», «долой ваш строй», «долой вашу религию» — четыре крика четырех частей.
Строки 83–84. Химеры Собора Парижской богоматери — изваяния мифических чудовищ на здании собора.
Строка 132. Джиоконда — знаменитая картина Леонардо да Винчи — женский портрет. В 1911 году картина была украдена из Лувра; в 1913 году возвращена в музей.
Строки 144–145. Помпея — город, расположенный у подножия вулкана Везувий, был разрушен во время извержения Везувия в 1 веке до н. э.
Строка 202. «Лузитания» — пассажирский пароход, торпедированный германской подводной лодкой 7 мая 1915 года и сгоревший в открытом море.
Строка 307. Заратустра — мифический создатель религии в древнем Иране. У Маяковского это имя употреблено в нарицательном смысле — глашатай, проповедник.
Строка 312. Лепрозорий — изолированное убежище для прокаженных.
Строка 329. …Голгофы аудиторий… — Маяковский имеет в виду свою поездку по городам России в конце 1913 — начале 1914 года. Буржуазная пресса встречала выступления Маяковского руганью и издевательствами.
Строка 380–381. Сквозь свой до крика разодранный глаз… — Д. Бурлюк был слеп на один глаз.
Строка 395. Пейте какао Ван Гутена…