15 августа 1534 года, вернувшись из паломничества в Иерусалим, испанский дворянин Игнатий Лойола с шестью единомышленниками образовали Общество Иисуса, более известное как Орден Иезуитов. Они собрались в этот день в подземом крипте под Часовней Св. Мучеников. И с тех пор каждые два года эти первые иезуиты возвращались сюда, чтобы повторить свою клятву в верности католицизму и вновь пообещать положить все силы на алтарь просвещения и обращения в христианство всех, кто не верует.
В 1590 году Генрих Четвёртый, тогда ещё вождь протестантов, расположился в этом монастыре во время осады Парижа. Он поставил свои две пушки "на античной террасе" (остатки храма Марса?). Осадил город он с крохотной армией в 1200 человек. Этого было явно мало для того, чтобы покорить Париж, но вполне достаточно, чтоб покорить сердца монахинь. И вот — "проклятого гугенота" поносили во всех церквях города не столько за осаду, сколько за то, что он сделал аббатису знаменитого бенедиктинского монастыря своей подругой.
"Самый знаменитый парижский монастырь обернулся борделем, поскольку почти все монахини последовали ужасному примеру грешной своей аббатисы" — писал в гневном послании к пастве тогдашний архиепископ Парижский.
Действительно, большая часть монашек и послушниц завели себе кавалеров среди офицеров и солдат протестантского войска, и когда Генрих, в то время ещё король Наваррский, король без королевства, снял осаду и ушел от стен Парижа, монастырь опустел: настоятельница монастыря ушла вместе с Веселым королём. Почти все монахини опять же последовали примеру своей аббатисы и ушли с армией Генриха, напоминавшей, по свидетельству современника, скорее цыганский табор, чем войско христианского государя.
В 1611 году на месте часовни была построена церковь Св. Мучеников, и посещение паломниками знаменитого подземелья стало одной из главных статей дохода бенедиктинского женского монастыря, новое население которого стыдливо делало вид, что забыло о том, почему за два десятилетия до того монастырь опустел.
В 1790 году монастырь был разграблен, монахини разогнаны, а последняя, сорок шестая его аббатиса Луиза де Монморанси-Лаваль стала одной из последних жертв якобинской диктатуры. Её гильотинировали в 1794 году, за несколько дней до Термидора.
В 1814 году после победы над Наполеоном в пустом помещении бывшего монастыря разместились английские и русские войска. Но им оставалось только завидовать солдатам Генриха IV, легенды о постое коих в монастыре за две с лишним сотни лет обросли многими живописными подробностями…