Хотя единственным особым требованием ВМФ было предупреждение об операции за два месяца, чтобы успеть перевести учебный Балтийский флот на военное положение, однако штаб ожидал возникновения нескольких опасных ситуаций, которые ставили под сомнение целесообразность операции против Швеции. Самой серьезной из них была потеря Балтийского моря как базы подготовки экипажей подводных лодок. Следующими но важности являлись прекращение морских маршрутов в Финляндию, потеря шведской железной руды и транзита через шведскую территорию в Норвегию. Кроме того, ВМФ опасался, что, если шведы будут слишком долго сопротивляться, в ситуацию сумеют вмешаться англо-американские ВВС, а русский флот, запертый под Ленинградом, прорвет блокаду и превратит Балтийское море в главную зону операций.
Штаб ВМФ заботило и то, что может быть предпринята какая-нибудь предваряющая насильственная акция, которая не только приведет к конфликту со Швецией, но и создаст благоприятные условия для высадки союзников в Скандинавии. Моряки снова выразили свои опасения по этому поводу 23 мая, когда штаб ВМФ предупредил министерство иностранных дел (которое в то время собиралось начать тяжелые переговоры, касающиеся соглашения о транзитах), что конфликт со Швецией может парализовать подводный флот. Штаб подчеркнул, что с точки зрения флота взятие Ленинграда и уничтожение советских ВМС на Балтике должно состояться раньше любой операции против Швеции.
Пока ВМФ выражал свои сомнения, доставка войск и снаряжения в Норвегию шла полным ходом. В конце апреля 14-я полевая дивизия ВВС закончила смену 196-й пехотной дивизии. Части 295-й пехотной дивизии начали прибывать в Норвегию в мае, а к концу июня перевод дивизии был практически закончен. В мае и июне формирование в Норвегии дивизии, предназначенной для позиционной обороны (274-й пехотной), шло согласно плану. Наиболее заметным было превращение 25-й танковой дивизии из сборища разномастных частей в прекрасно вооруженную (для условий Скандинавии) воинскую часть. К концу июня дивизия была полностью оснащена немецкой артиллерией и ручным оружием; она получила больше 1000 грузовиков и других средств транспорта, а ее штатное расписание (по данным провиантской службы) составило 21 000 человек[54].
21 июня Фалькенхорст сообщил XXXIII и LXX корпусам, а также 25-й танковой дивизии, что в сентябре армейские резервы будут собраны полностью, после чего он собирается провести большие осенние маневры с целью отработать то, что он назвал «скандинавской тактикой». Планирование и командование маневрами он поручил Шеллю. Шелль подготовил приложение к приказу по армии с описанием рельефа местности и тактическими рекомендациями, заимствованными из его проекта операции против Швеции; эта памятка должна была помочь частям готовиться к маневрам.