Главные силы и снаряжение должны были доставить восемь морских транспортных групп. 1-я морская транспортная группа, которая должна была достичь порта в день «X», состояла из 12 судов, отправлявшихся в Осло, Кристиансанн, Берген и Ставангер. Все последующие группы должны были разгрузиться в Осло. 1-я морская транспортная группа также вызывала у командования флота дурные предчувствия, поскольку ее суда, которым предстояло выйти в море до стратегического эшелона, имела на борту солдат в военной форме. Для сохранения секретности 1-я морская транспортная группа получила кодовое наименование Восточно-Прусская группа, а капитанам кораблей дали приказ следовать в Восточную Пруссию — якобы для того, чтобы уменьшить нагрузку на железнодорожный транспорт. Приказ о настоящем месте назначения они получили только после выхода в море. 2-я морская транспортная группа (11 судов) и 3-я (13 судов) должны были выгрузиться в Осло через два и шесть дней после дня «X» соответственно. Группы с 4-й по 8-ю — через восемь-двенадцать дней; при этом планировалось использовать суда первых трех групп, успевшие вернуться в Германию.
Редер считал, что самой опасной частью операции для ВМФ является возвращение боевых кораблей. Он был уверен, что в случае внезапности высадка пройдет успешно, но считал, что потом корабли, находящиеся у северного и западного побережья Норвегии, подвергнутся атаке превосходящих британских сил. Редер хотел, чтобы корабли нарвикской и тронхеймской групп как можно скорее присоединились к «Шарнхорсту» и «Гнейзенау» и совершили совместный прорыв к своим базам, в то время как корабли, находившиеся в Бергене и к югу от него, должны были возвращаться самостоятельно, как можно дольше держась под защитой берега. Это намерение встретило сопротивление Гитлера, ОКВ и OKЛ, которые хотели, чтобы корабли остались в портах, особенно в Нарвике и Тронхейме, для артиллерийской поддержки, противовоздушной обороны и поддержания морального духа солдат. Напротив, Редер защищал точку зрения, согласно которой ни один эсминец, не говоря о крейсере, не мог быть оставлен в Нарвике и Тронхейме в то время, когда судьба Германии висела на волоске. Споры продолжались до 2 апреля, когда Гитлер заявил, что лично он не одобряет решение о немедленном отзыве кораблей, но не хочет слишком грубо вмешиваться в вопросы, которые имеют отношение исключительно к войне на море.
В случае возникновения непредвиденных обстоятельств в бой с вражескими кораблями должны были вступить только подводные лодки. Согласно плану операции «Хартмут» субмарины должны были обеспечить защиту надводным кораблям во время этапа транспортировки и держать оборону против кораблей противника во время захвата приморских плацдармов. В общей сложности у Нарвика, Тронхейма, Бергена, Ставангера, в районе Оркнейских и Шетлендских островов и к западу от Скагеррака должно было находиться 28 подводных лодок. Некоторые лодки, направленные к Нарвику и Тронхейму, покинули базу еще 11 марта. Основные силы вышли в море между 31 марта и 6 апреля.