Ликвидация остатков церковного разделения произошла на Большом Свято-Софийском соборе (879-880 гг.) с участием восточных патриархов и легатов папы. Общее число участников было более 380 (немного меньше, чем на IV Вселенском соборе). Поэтому часто считали этот собор VIII Вселенским, но, затем, число VII стало предельным.
Собор открылся в ноябре 879 г. На его первом заседании легат папы кардинал Петр заявил, что папа считает Фотия своим братом и прислал легатов для восстановления мира. Были зачитаны послания папы, призывающие противников Фотия признать его законным патриархом.
Собор отменил решения Малого Свято-Софийского собора и осудил всех его участников (легаты подписали это осуждение), а также полностью реабилитировал Фотия.
На предпоследнем заседании собора было принято специальное постановление против попыток внесения в Символ веры прибавки «Филиокве», правда, собор не дал богословской оценки «Филиокве». Было лишь сказано, что недопустимо добавлять что-либо к Символу веры, как это было сделано в Испании.
Было принято 1-е правило Большого Свято-Софийского собора, разграничивающее права Римского и Константинопольского епископов: «В преимуществах, принадлежащих святейшему престолу Римской церкви и ее предстоятелю, да не будет никакого нововведения ни ныне, ни впредь».
Согласно этому правилу, западные клирики, отлученные папой Иоанном, где бы они не находились, не могут приниматься в общение Фотием. Также и клирики, отлученные Фотием, не должны приниматься в общение папой Иоанном.
Папа Иоанн VIII признал решения собора. Большой Свято-Софийский собор стал фактором, сдерживающим самодержавные тенденции Рима и утверждавшим православную экклезиологию.
Но, позже, католики переосмыслили решения собора, считая, что собор осудил не «Филиокве», а способ его добавки к Символу веры в Испании — без благословения папы Римского. Иначе как согласовать, что решения одного собора, одобренного папой, осуждают решения другого собора, также одобренного только другим папой (ведь папа непогрешим)? Уже в средние века стала составляться легенда о том, что папа Иоанн VIII выступил великим противником Большого Свято-Софийского собора и вынес анафему на Фотия в 881 г. Эта легенда стала столь распространенной, что перекочевала и в учебники по истории Церкви в Русской Православной Церкви.
Только в начале XX века католические ученые доказали, что не было разрыва Иоанна VIII с Фотием. Важную роль сыграл при этом Франциск Дворник. В «Схизме при Фотии» (вышла в 1948 г. на английском языке) он приводит документы Ватиканского архива, подтверждающие, что папа Иоанн VIII и патриарх Фотий до конца жизни находились в общении и официальном, и неофициальном, и далее общение двух кафедр продолжалось еще около 200 лет.