Естественно, что появление на российском престоле суровой литовской рыжеволосой красавицы не могло прийтись по нраву знатным боярам. Перспектива оказаться в подчинении у вчерашней литовской княжны никак их не устраивала; да и назначение малолетнего Иоанна Великим князем тоже выводило из себя.
Василий III, имея замечательный опыт юного вхождения во власть, прекрасно отдавал себе отчет в том, насколько серьезные проблемы ожидают в случае его кончины саму царицу, а главное – сына Иоанна. Он прекрасно понимал, что смуты боярской не избежать, а потому особенно полагался на своих особо приближенных сподвижников. Как показали дальнейшие события, Елена Глинская и сама оказалась на высоте. Предпринятые ею карательные меры против непокорных бояр произвели изрядное впечатление.
Описание этой жестокой борьбы за русский трон превосходно дано Сергеем Соловьевым:
"Умирающий Василий имел много причин беспокоиться о судьбе малолетнего сына: при малютке осталось двое дядей, которые хотя отказались от прав своих на старшинство, однако могли при первом удобном случае, отговорясь невольною присягою, возобновить старые притязания; эти притязания тем более были опасны, что вельможи, потомки князей, также толковали о старых правах своих и тяготились новым порядком вещей, введенным при Василии и отце его. „Вы бы, братья мои, князь Юрий и князь Андрей, стояли крепко в своем слове, на чем мы крест целовали", – говорил умирающий братьям; боярам он счел нужным напомнить о происхождении своем от Владимира Киевского, напомнить, что он и сын его – прирожденные государи; Василий знал, что в случае усобицы и торжества братьев должны повториться те же явления, какие происходили при деде его, Василии Темном, что тогда малюткам – детям его нельзя ждать пощады от победителя; и вот он обращается к человеку, по близкому родству обязанному и по способностям могущему блюсти за сохранением семьи великокняжеской: „А ты бы, князь Михайло Глинский, за моего сына, Великого князя Ивана, за мою великую княгиню Елену и за моего сына, князя Юрья, кровь свою пролил и тело свое на раздробление дал".
Опасения умирающего сбылись: тотчас после похорон Василия вдове его донесли уже о крамоле. Летописцы оставили нам об этом деле разные свидетельства: по одним, двое князей Шуйских, Иван и Андрей Михайловичи, еще при Великом князе Василии отъезжали к удельному князю Юрию; Василий отправил к брату с требованием их выдачи, и тот беспрекословно исполнил это требование; Василий велел оковать отъезжиков и разослать их по разным городам; но Великая княгиня Елена, ставши правительницею, приказала освободить их по ходатайству митрополита и бояр. Первым делом Андрея Шуйского по возвращении в Москву была новая крамола: он начал подговаривать князя Бориса Горбатого к отъезду, объявил, что князь Юрий зовет его, Андрея, к себе и он хочет к нему ехать. „Поедем со мною вместе, -говорил он Горбатому, – а здесь служить – ничего не выслужишь: князь великий еще молод, и слухи носятся о князе Юрии; если князь Юрий сядет на государстве, а мы к нему раньше других отъедем, то мы у него этим выслужимся". Горбатый не только сам не согласился отъехать, но и Шуйскому отсоветовал; тогда последний, видя неудачу и опасаясь последствий своей откровенности с Горбатым, решился предупредить его: явился к великой княгине и объявил, что князь Борис зовет его отъехать к князю Юрию, который также присылал и к нему с приглашением; но правда открылась, и князя Шуйского посадили опять под стражу. При этом бояре сказали правительнице, что надобно схватить и князя Юрия; Елена отвечала им: „Как будет лучше, так и делайте". Бояре сочли за лучшее отделаться заблаговременно от удельного князя, и Юрий вместе с своими боярами посажен был под стражу в той самой палате, где прежде сидел племянник его, несчастный Димитрий, внук Иоанна III.