Одной из основных особенностей источниковой базы как по биографии Дутова, так и по истории антибольшевистского движения оренбургского казачества является ее плохая сохранность, разрозненность и фрагментарность. Отсутствие необходимых документов далеко не всегда позволяет перепроверить те или иные сведения и порой вынуждает полагаться на сохранившиеся источники. Публикации документов, касающихся Дутова, можно буквально пересчитать по пальцам (характеристики некоторых из них приведены в примечаниях к основному тексту). Крайне мало материалов сохранилось о деятельности Дутова до Гражданской войны. Период до 1917 г., помимо служебных документов, освещают в основном лишь официальная биография атамана и воспоминания его однокашника С.А. Щепихина. Если официальная биография представляет собой апологию деятельности Дутова, то воспоминания Щепихина, наоборот, содержат уничтожающую критику. Преодолеть дуализм этих двух источников практически не представляется возможным. Впрочем, о подавляющем большинстве полковых командиров Первой мировой войны мы можем знать только по их, как правило, крайне отрывочным и скупым служебным документам. В этой связи ситуация с документами Дутова не является исключительной.
Весьма противоречивы данные о выдвижении Дутова на политическую авансцену в начале 1917 г., почти нет достоверных сведений о той роли, которую будущий атаман должен был сыграть в выступлении Л.Г. Корнилова. В отношении дальнейшей деятельности Дутова ситуация немногим лучше. По всей видимости, безвозвратно утрачен ценнейший личный архив Дутова, содержавший наиболее значимые для атамана бумаги, в том числе письма Колчака и всю служебную и личную переписку атамана за период Гражданской войны. Хотя часть писем и сохранилась в документах адресатов Дутова, а также в документах войска, тем не менее подобная утрата значительно осложняет изучение внутриполитического курса оренбургского атамана и его взаимоотношений с другими военно-политическими деятелями Белой России. Почти не сохранилось документов о деятельности Дутова осенью 1919 г. до его отъезда в армию, а также о пребывании атамана в начале 1920 г. на посту Главного начальника Семиреченского края.
В целом за годы Гражданской войны по разным причинам погибло или было утеряно огромное количество самых разнообразных документов, представляющих интерес для раскрытия темы. Некоторые материалы, например, из архива ФСБ или из зарубежных архивохранилищ остаются практически недоступными даже для специалистов. Основной массив сохранившихся до наших дней документов – это трофеи, захваченные частями РККА у белых при наступлении на Урале, в Средней Азии и в Сибири. Часть документов сохранилась в Русском заграничном историческом архиве в Праге и в 1946 г. была передана в Москву. Восполнить существующие пробелы автор попытался путем максимально широкого вовлечения в оборот всего, что уцелело до наших дней и представляет интерес в рамках данной темы. Подавляющее большинство документов вводится в научный оборот впервые.