Однако, при рассмотрении дела по существу Военной коллегией Верховного Суда был допущен ряд нарушений советского законодательства, а именно:
— При рассмотрении преступных деяний Минаева А.И. судом не установлена причастность Минаева к попытке захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, степень осведомленности Минаева о конкретном плане захвата власти, а так же не установлено, какие именно действия совершил Минаев в рамках общего умысла на захват власти. Кроме того, в материалах дела суд не усматривает доказательств того, что Минаев, претворяя в жизнь свои преступные замыслы, действовал совместно и согласованно с Яковлевым, Шеварднадзе и другими осужденными в рамках общего умысла.
— При рассмотрении преступных деяний Шеварднадзе Э.А. судом в недостаточной степени исследована степень личной причастности Шеварднадзе к попытке захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, степень осведомленности Шеварднадзе о конкретном плане захвата власти, а так же не установлено, какие именно действия совершил Шеварднадзе Э.А. в рамках общего умысла на захват власти.
— При рассмотрении преступных действий Яковлева А.И. Военная коллегия Верховного суда СССР не установила причин и обстоятельств, способствовавших совершению Яковлевым А.И. инкриминируемых ему преступлений, не вынесла представлений об устранении условий, способствовавших их совершению.
— При рассмотрении преступных деяний Хабеишвили С.И. судом в недостаточной степени исследована степень личной причастности Хабеишвили к попытке захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, степень осведомленности Хабеишвили о конкретном плане захвата власти, а так же не установлено, какие именно действия совершил Хабеишвили в рамках общего умысла на захват власти. Кроме того, из материалов дела суд не усматривает, что Хабеишвили был осведомлен о планах преступной антисоветской группы до претворения их в жизнь.
— При рассмотрении преступных деяний Пасечника О.М. судом недостаточно исследована степень причастности Пасечника к реализации попытки захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, не установлено, охватывались ли действия Пасечника общим умыслом на захват власти, на этапе следствия не проведена достаточная работа по выявлению возможных сообщников Пасечника.
— При рассмотрении преступных деяний Полякова Д.М. судом недостаточно исследована степень причастности Полякова к реализации попытки захвата власти, имевшей место 22–23 ноября 1987 года, не установлено, охватывались ли действия Пасечника общим умыслом на захват власти, на этапе следствия не проведена достаточная работа по выявлению возможных сообщников Полякова.