Фридрих II стал императором Священной Римской империи и королем Сицилии. Это было как раз то, чего больше всего боялся Иннокентий III, поставивший Фридриху условие, чтобы императорский и сицилийский скипетры не соединялись в одних руках. Фридрих без долгих размышлений согласился на это условие, а потом, также не задумавшись, его нарушил. Папские владения оказались зажатыми, как в клещах. Благоприятным для папы обстоятельством было то, что города Северной Италии зависели от императора только номинально: большинство их ненавидело императорскую власть и готово было сопротивляться всякой попытке ее усиления.
Политика Фридриха II состояла в том, чтобы укреплять свою власть и увеличивать свои доходы в богатом Сицилийском королевстве, которое он считал главным из своих владений; путем уступок духовным и светским феодалам жить в мире с Германией, используя ее военные ресурсы; принудить к повиновению североитальянские города; окружить папу со всех сторон и подчинить его себе, до поры до времени держась с ним осторожной политики.
Но в лице папы Григория IX (1227—1241 гг.) Фридрих встретил достойного противника. Папа ясно видел его планы и боролся с ними настойчиво и последовательно. Григорий выступил против Фридриха под предлогом, что тот, вопреки данному обещанию, все еще не отправился в крестовый поход, и поспешил отлучить его. Он воспретил крестовый поход под предводительством отлученного императора. Но Фридрих, по выражению Маркса, «наплевал» на это. Не обращая внимания на отлучение, он отправился в крестовый поход, ставший его личным и династическим делом ввиду его притязаний на Иерусалимское королевство. На Востоке у него были дружеские связи с египетским султаном Эль-Камилем. Фридрих заключил с ним договор о мире на 10 лет. Дипломатическим путем Фридриху удалось получить то, чего тщетно добивались крестоносцы силой оружия: ему был возвращен Иерусалим со «святыми местами». Правда, это было достигнуто ценой важных уступок — Фридрих обязался не помогать христианам в их борьбе с египетским султаном, в руках которого остались укрепленные пункты Палестины. В храме «гроба господня» Фридрих сам возложил на себя корону Иерусалимского королевства без всякого церковного обряда. В это время папа всеми средствами возбуждал против Фридриха палестинских феодалов, особенно тамплиеров; венецианцы по наущению папы напали на владения
Фридриха в Сирии. В Италии папа двинул на его земли наемные войска, в Германии он вел через доминиканцев агитацию за избрание другого императора. Но Фридрих внезапно вернулся в Италию и расстроил планы папы, который был вынужден пойти на соглашение. В 1230 г. в Ананьи произошло свидание между обоими противниками. Они помирились. Жертвой их сговора стала Германия, где в угоду папе «свободомыслящий» Фридрих предоставил свирепствовать инквизиторам-доминиканцам, которых взял под свое особое покровительство. Церковь и государство делили пополам имущество сожженных еретиков.