Но вмешательство в ливонские дела повело к войне с Москвою. Москвитяне перенесли войну из Ливонии в Белоруссию.
В 1565 г. московский царь взял Полоцк. Правда, московские войска были затем в следующем г[оду] сильно разбиты Николаем Радзивиллом на реке Улле при Чашниках, но эта победа мало остановила успехи москвитян. Положение Литвы оказалось тяжелым. Берестейский сейм 1566 г. возложил главное управление Ливонией на важнейшего из тогдашних администраторов, большого патриота Яна Иеронимовича Ходкевича. Он получил широкое право военной и гражданской власти. Ходкевич, прежде всего, достиг полного соединения Ливонии с Литвою, что и совершилось на Гродненском сейме в конце 1566 г. Ливонцы сохранили свои местные права, но признали себя частью Великого княжества.
Однако, Литовско-Русское государство должно было выносить чрезвычайно тяжелое поражение войны. Нужны были люди и средства. Государственные люди Литвы делали огромное напряжение сил государства, чтобы выйти из затруднительного положения. Мы сейчас увидим, что поляки в этот тяжелый для Великого княжества час соблазняли его только унией, не давая реальной поддержки. Но в Литве еще очень боялись унии и предпочитали сначала исчерпать местные средства. Началась усиленная работа сейма и скарба, которую даже трудно перечесть в кратком очерке. Обложение [налогами] было поднято до высших пределов. Так постепенно были обложены солод, пивоварение, медоварение (причем эти предметы потребления были монополизированы казной) и уничтожены частные мельницы, наложен налог на помол. К старым налогам на напитки прибавлены новые. Корчмы были обложены особыми акцизными сборами. Все налоги устанавливались только на время войны, но проходят целые десятилетия, война продолжается, и налоги увеличиваются в своих ставках. В некоторых городах доходы от акцизов, монополий и внутренних таможенных пошлин возросли более чем на 100 %. Вводится монополия на соль, монополизируется торговля лесным товаром, устанавливается новое мыто на товары заграничного ввоза и вывоза при сохранении, конечно, старого мыта. В 1566 г. поднят тариф на ставки нового мыта. В области прямых налогов общегосударственный налог серебщина не только взимается часто, но и ставки ее повышаются вдвое или даже втрое, кроме того, прибавки вводятся к серебщине. Если в 1542 г. собиралось всего-навсего около 22.000 коп. грошей, то в 1567 г. взималось уже 105 1/2 тыс. коп. грошей. Города облагаются сбором подоходно-поимущественного характера, особые налоги несут евреи взамен отбывания воинской повинности и т. д. Одним словом, напряжение было громадное. Мало того, большая часть великокняжеских имений была заложена. Частные лица давали деньги взаймы и выправляли почты, т. е. отряды на свой счет.