Спустя некоторое время началось движение за объединение Египта. На севере его возглавили правители Гераклеополя, на юге - правители Фив. Северные правители даже объявили себя царями Верхнего и Нижнего Египта (IX-X династии). Однако их власть никогда не простиралась на всю страну. Южные номы, сплотившиеся вокруг Фив, не признавали их гегемонии. Результатом ожесточенной борьбы между Гераклеополем и Фивами была победа правителя последних - Ментухетепа, который объединил разрозненные номы в единое централизованное государство. Наступил период Среднего царства (2050-1750 гг. до н.э., XI--XIII династии).
Снова возобновились завоевательные походы против соседей. Была завоевана Нубия. Границы страны отодвинулась от Асуана до второго порога. Власть египетских фараонов распространилась не только на Синайский полуостров, но и на часть Палестины и некоторые города Финикии.
В XVIII в. до н.э. обострились социальные противоречия в Египте. Страна снова начала клониться к упадку. Вспыхнуло народное восстание против существующего строя. Возникшим тяжелым положением воспользовались внешние враги. В конце XVIII в. вторгнувшиеся со стороны Синая скотоводы-гиксосы заняли всю Дельту, а затем подчинили и Верхний Египет. Наступил Второй переходный период (вторая половина ХVIII- VII вв. до н.э.).
Реальная власть в это время находилась в руках местных правителей - номархов. Верхний Египет представлял собой совокупность практически самостоятельных номов, зависимость которых от завоевателей была во многом формальной и сводилась к уплате определенной дани. А на юге Египта власть гиксосов вообще была ничтожной.
После смерти гиксосского царя Хиана (XVII в. до н.э.), которому на короткое время удалось подчинить весь Египет, гиксосское государство стало слабеть, а самостоятельность номов, особенно фиванского, возрастать. Именно Фивы стали центром движения за освобождение Египта от гиксосов и одновременно объединения страны. Их правители провозгласили себя фараонами и основали XVII династию, которая правила одновременно с гиксосскими царями.
Один из фараонов этой династии - Камес - стал во главе борьбы за изгнание гиксосов. Его брат - Яхмес - завершил ее, уничтожив державу гиксосов. Было восстановлено египетское централизованное государство, и начался новый период в истории этой страны - эпоха Нового царства (1580-1085 гг., XVIII-XX династии).
Снова начались завоевательные походы. Была реорганизована армия. Используя ее мощь, фараоны ХVIII династии вели активную внешнюю политику. Только за 22 года своего единоличного правления Тутмос III совершил 15 победоносных походов. Его предшественниками и им были покорены Палестина, Сирия, Финикия. На юге граница отодвинулась вплоть до четвертого нильского порога. Образовалась великая Египетская держава. Египтяне теперь уже не ограничивались простым взиманием дани с местных правителей. Создавалась постоянная египетская администрация, управляющая захваченными территориями.