В Константинополе первый монастырь был основан в царствование Феодосия II, но вскоре возникли и другие пристанища для монахов. С самого начала им были дарованы особые льготы, и на протяжении практически всей истории Византии они были освобождены от налогов. Важную роль в государственных делах они стали играть благодаря иконоборчеству, именно в монастырях сосредоточивалось противодействие иконоборцам. Твердая позиция, которую занял Феодор, настоятель Студийского монастыря в Константинополе, в вопросе об очередном браке императора Константина VI, а также его оппозиция иконоборчеству привели к изгнанию Феодора и временной опале Студийского монастыря. Основанный в V веке, он был почти безлюдным, когда туда прибыл из монастыря Саккудион, что на горе Олимп, Феодор, бывший там монахом в послушании у прославленного настоятеля Святого Платона. Именно Платон ввел в монашеский обиход ряд новых правил, в том числе свод наказаний и запретов. В частности, в монастырь запрещалось входить не только женщинам, но и животным женского пола. Правила Платона были далее развиты Феодором, настоятельно требовавшим, чтобы все имущество в монастыре было общим.
Все ранние монастыри были киновитными, то есть общежительными: монахи жертвовали туда все личное имущество, вместе трапезовали и принимали полную власть настоятеля. Между прочим, им запрещалось мыть тело чаще трех раз в год, исключение допускалось лишь в случае болезни. Только позднее была введена система, названная идиор-ритмической (избегающей общения), при которой монахам позволялось сохранять свое имущество, а власть настоятеля заменялась властью комитета. Это положило конец большинству аспектов общежития, но на Афоне такая система была принята лишь в XV веке. Монастырский устав был ослаблен передачей монастырей под опеку мирян. Первый раз это произошло во времена иконоборчества, затем в XII столетии. Миряне забирали большую часть монастырской казны, оставляя монахам лишь на самые насущные нужды. Таким образом, монахи лишались возможности благотворительной деятельности, которой те постоянно занимались (такими, например, как обеспечение бедняков жильем и больницами). Еще в начале Х века Никифор Фока осудил зло, проистекающее от накопления монастырями богатства, но они до конца существования Византии играли важную роль, как крупные земельные собственники.
Женские монастыри появились почти одновременно с мужскими, но мы знаем о них гораздо меньше. Уставы их были подобны: в них точно так же предписывалось соблюдение бедности и послушания, а день следовало делить между молитвой и работой. Политической роли женские монастыри не играли и не рождали шедевров в области искусства или философской мысли. Впрочем, в поздний период византийской истории в них создавались изумительные вышивки. Однако туда, как императоры и сановники в мужские монастыри, удалялись свергнутые императрицы или вдовы императоров. Во многих случаях они приносили в качестве вклада значительное состояние. Одной из таких монахинь была Мария, сводная сестра императора Андроника II Палеолога. Она была обручена с монгольским правителем Персии, ханом Хулагу, но ввиду его смерти ее выдали замуж за его сына Абуку. В пожилом возрасте она вернулась в Константинополь, основала церковь Святой Марии из монголов и стала монахиней под именем Мелании. Ее портрет есть на мозаике в нынешней Кахрие-Джами под изображениями Христа и Богоматери.