Во второй половине II в. участились случаи преследования отдельных христианских проповедников и групп христиан. Сохранилось предание о мученичестве старого епископа Смирны Поликарпа; один из первых христианских писателей — Юстин погиб в конце 60-х годов II в. Выше уже рассказывалось о преследовании христиан в Галлии и в Северной Африке. Правда, и эти гонения не были вызваны специально антихристианскими указами императоров. Они объяснялись скорее всего тем, что, как и писатели, выступавшие с антихристианской критикой, императоры II в. еще не отделяли христианство от других тайных культов, которые казались им опасными; они боролись со всеми этими культами. Характерно, что случаи преследований были более часты в провинциях, чем в столице. Римские христиане находились под более действенным контролем столичных властей, вели себя более терпимо, имели влиятельных заступников. В провинциях, где порою трудно было сдержать недовольство народа, страх перед христианами (как и стремление переложить на них ответственность за все неурядицы) был сильнее. Один из римских историков сообщает, что император Север (начало III в.) издал для Египта особое распоряжение (оно не носило общеимперского характера) о запрещении обращаться в христианскую и иудейскую веру. Такое распоряжение могло быть вызвано тем, что в Египте эти вероисповедания были достаточно распространены и их религиозные лозунги использовались для выступлений против властей; кроме того, сторонники ряда христианских сект уходили в пустыни, в горные местности, образуя изолированные общины или просто ведя отшельническую жизнь, что отрицательно сказывалось на экономической и общественной жизни провинции.
Однако спорадические преследования не исключали проявления интереса и даже сочувствия к христианству и отдельным его сторонникам. Так, тот же Септимий Север допустил в качестве кормилицы своего сына христианку; мать императора Александра Севера — Юлия Мамея переписывалась с Оригеном. Рассказывали, что Александр Север в своем частном святилище рядом с изображением античных божеств поместил изображение Христа. Все это было не случайно: императоры и их окружение ощущали потребность в новых культах, которые сплотили бы население империи и освятили императорскую власть, чего не мог сделать слишком официозный, лишенный живой веры культ императора. При одном из императоров династии Северов была сделана попытка ввести в качестве такого культа поклонение «Непобедимому Солнцу» (этот культ затем вводили и некоторые последующие императоры: Аврелиан в конце III в. даже объявил культ «Непобедимого Солнца» государственным), но все подобные культы, как бы далеки они ни были от традиционной римской религии, не выходили за рамки привычных представлений и не порывали полностью ни с многобожием, ни с системой духовных ценностей, выработанных античным миром.