Однако древность не могла быть единственным критерием (или даже основным) при отборе «священных» книг, который начался во II веке. Слишком значительны были расхождения по существу даже между самыми ранними записями. Христианское учение еще только складывалось; сама традиция не была достаточно устойчивой. Поэтому критерий содержания был одним из основных. Но, отвергая содержание того или иного писания, идеологи христианства подвергали сомнению и подлинность авторства, так как выступать против апостольских слов было к концу II в. уже невозможно. Если эти слова нельзя было истолковать в соответствии с учением данной христианской группы, то их следовало объявить подложными, выдуманными или по крайней мере сомнительными, спорными.
Уже со времени «Канона Муратори» среди христианских писаний выделяются три группы — подлинные, сомнительные (спорные) и тайные (подложные). Такое деление встречается и у Оригена. Он ссылается на ряд писаний второй группы, например на Евангелие евреев или Деяния Павла, и замечает, что с этими произведениями можно считаться, хотя их не следует ставить в один ряд с четырьмя евангелиями. По словам автора церковной истории Евсевия, Ориген сомневался в авторстве новозаветного послания к евреям: по мнению Оригена, это послание пересказывает апостольские поучения, но подлинный автор его неизвестен. Сам Евсевий считал спорными Послания Иакова, Иуды, Второе послание Петра, Второе и Третье послания Иоанна. К подложным он относил ряд писаний, в том числе Апокалипсис Петра, и с оговоркой («если кто считает возможным») — Апокалипсис Иоанна и Евангелие евреев. При такой неопределенности оценок отдельные епископы иногда были вынуждены сами решать, что можно и что нельзя читать их пастве. Известно, например, что епископ Серапион (ок. 200 г.) сначала разрешил сирийским христианам пользоваться распространенным у них Евангелием Петра, а затем, познакомившись ближе с его содержанием, решил запретить.
В III в. в Риме был составлен список новозаветных писаний, несколько сокращенный по сравнению с «Каноном Муратори». Другой канон III в., Александрийский, был значительно шире римского: кроме основных произведений Нового завета туда были включены Учение двенадцати апостолов (Дидахе), «Пастырь» Гермы, Апокалипсис Петра, послания, написанные Климентом и Варнавой (по христианскому преданию — учениками апостолов). В Антиохии продолжали чтить «Диатессарон». Свой набор «священных писаний» был у христиан-гностиков, у иудеохристиан (т. е. христиан, не порвавших с иудаизмом).