Интерес представляют речения из Евангелия Фомы, где обсуждаются вопросы поведения учеников Иисуса, исполнения ими определенных обрядов. Эти речения связаны со спорами, которые велись в среде христиан на рубеже I-II вв. по поводу различных формальных требований к верующим, сохранившихся от иудаизма или зародившихся уже в христианских экклесиях. Автор Евангелия Фомы резко выступает, например, против обряда обрезания. Ученики задают Иисусу вопрос о пользе обрезания, и тот отвечает на него так: «Если бы оно было полезно, Отец зачал бы их в матери обрезанными. Но истинное обрезание в духе обнаружило полную пользу». Полемизируя со сторонниками соблюдения иудейских обрядов, автор приводит вполне логически построенный аргумент, восходящий к представлениям о разумном устройстве мира (кстати, не свойственным гностическим учениям). Метод полемики здесь заимствован из античной традиции, освободиться от которой людям, выросшим в окружении античной культуры, было трудно. Они могли сознательно отбрасывать античную традицию, обращаться при разработке своего учения к восточной мудрости, но в спорах с другими учениями они возвращались к приемам, разработанным античной логикой и риторикой. Поэтому критика христиан христианами подчас была не менее содержательной, чем критика христианства со стороны его языческих противников.
Евангелие Фомы призывает, вероятно, к разрыву с иудейством и в речении, где говорится о том, что нельзя человеку сесть на двух коней, натянуть два лука, а рабу — служить двум господам. В конце этого речения подчеркивается, что новое вино не наливают в старые мехи и не накладывают старую заплату на новые одежды.
В Евангелии Фомы рассмотрены вопросы о молитве, постах и раздаче милостыни — тех действиях, которые казались многим христианам основным путем достижения спасения на небе. Мы уже не раз говорили о том, какую роль в христианских общинах играла благотворительность: раздача милостыни казалась им единственно возможным способом объединения богатых и бедных в рамках реального мира. Но автор Евангелия Фомы остро ощущал внешний, формальный характер всех этих действии, не связанных с внутренним изменением человека. В одном из приведенных им речений Иисус в ответ на вопрос учеников, нужно ли им поститься, молиться и подавать милостыню, отвечал: «Не лгите и то, что вы ненавидите, не делайте этого». Здесь подчеркивается, что внешнее выполнение моральных и религиозных требований может привести ко лжи и лицемерию. В другом месте евангелия в уста Иисуса вкладываются еще более резкие слова: «Если вы поститесь, вы зародите в себе грех, и если вы молитесь, вы будете осуждены, и если вы подаете милостыню, вы причините зло своему духу». Ученики могут есть любую пищу, какую им дадут. Единственное, что от них требуется, — это лечить больных. В конце этого отрывка приведено речение, имеющееся и в Новом завете: «Ибо то, что войдет в ваши уста, не осквернит вас, но то, что выходит из ваших уст, осквернит вас». У Фомы последняя фраза, будучи заключением ко всему отрывку, имеет более широкий смысл: самое главное — духовное преображение человека, его внутренняя сущность. Автор выступает даже против молитв, ибо молитва — это просьба о помощи, о божественном вмешательстве, а человек, согласно восприятию гностиков, должен обрести «свет» внутри себя и тем спастись. Лечение больных, пожалуй, единственная обязанность учеников по отношению к другим людям. Христианин, даже гностического толка, на том раннем этапе формирования христианства не мог отбросить это требование: ведь в самых древних рассказах об Иисусе основные «чудеса», совершенные им, сводились к исцелению больных. В более поздних произведениях гностиков эта проблема уже не затрагивается.