Своенравие и жестокость, согласно этому сказанию Фомы, Иисус проявлял и в годы учебы. Отец пригласил к нему учителя, который начал показывать ему буквы греческого алфавита. Но Иисус не хотел заниматься. Он упорно молчал и не желал отвечать на вопросы учителя. Наконец сам задал ему вопрос: «А что такое альфа (название первой буквы греческого алфавита. — И. С.)? Разъясни мне значение альфы, а я разъясню тебе значение беты (вторая буква греческого алфавита. — И. С.)». Учитель, рассердившись, ударил Иисуса по голове. Тогда Иисус проклял его, и учитель упал замертво. Конечно, все эти акты жестокости не вяжутся с образом спасителя человечества, провозгласившего: «Иго мое — благо, и бремя мое легко» (Мф. 11:30). Но для автора сказания о детстве жестокость богов казалась естественной и неизбежной: сколько греческих мифов повествовало о наказании богами людей, осмелившихся противоречить им или равнять себя с ними! Бывшие почитатели античных божеств, став христианами, перенесли их черты на образ Христа. Таков был противоречивый путь христианской религии; привлекая к себе все новых людей обещанием спасения с помощью милосердного Иисуса, отдавшего свою жизнь ради искупления грехов человечества, она впитывала в себя груз укоренившихся суеверий, представлений, привычек.
Правда, в дальнейшее повествование вводятся чудеса исцеления и воскрешения: Иисус воскресил мальчика, упавшего с крыши, когда родители последнего стали обвинять Иисуса в том, что это он столкнул их сына. Иисус заставил воскресшего ребенка свидетельствовать о своей невиновности. В этом евангелии рассказывается также о том, как Иисус исцелил соседа, поранившего себя топором, и спас своего брата Иакова, которого укусила змея. Когда другой учитель признал Иисуса исполненным благости и мудрости, мальчик сказал, что ради него будет воскрешен и тот первый учитель. Таким образом, сначала устрашив читателя, автор евангелия затем показывает возможность милости, чуда исцеления. Он внушает, что за каждым сверхъестественным деянием Иисуса — будь то возмездие или исцеление — скрывается цель, недоступная для понимания простого смертного: проклятие должно открыть путь к «высшей» истине, чтобы, как сказано в апокрифе, «слепые в сердце своем узрели».
Почти все чудеса исцеления совершаются публично. Дважды Иисус говорит исцеленным: «И помни обо мне» (добавление это отсутствует при описании подобных сцен в канонических евангелиях). Совершаемые Иисусом чудеса должны служить обращению неверующих, а призыв помнить о чуде и чудотворце является как бы скрытым предостережением «забывчивым».