Для новых философских систем, распространившихся в империи, было характерно взаимопроникновение мифологии и философии: мифические образы в них абстрагировались, а абстрактные понятия выступали как сами по себе действующие сущности. Некоторые из таких построений не были рассчитаны на логическое их понимание: они должны были восприниматься как цельный образ, как картина, за которой скрыта непостижимая сущность космоса. Многие из подобных идеалистических учений поздней античности несомненно оказали влияние на становление христианской теологии.
К числу таковых следует отнести оформившийся в III в. неоплатонизм. Неоплатоники пытались преодолеть столь трагически ощущавшийся разрыв между миром идеалов и миром действительности, между субъективным и объективным. Они учили, что мир возникает благодаря последовательным эманациям (истечениям) абсолютного божества, которое представляет собой чистый свет. Зло есть лишь преходящее, временное несовершенство, связанное с отдаленностью вещественного мира от мировой души, порожденной абсолютным божеством. Души людей принадлежат частично миру божественному, частично — вещественному, но человек еще в земной жизни может открыть в своей душе божество путем особого внеразумного духовного созерцания. Души таких людей после смерти соединяются с божеством, а души остальных возрождаются к телесной жизни в новом обличье. В неоплатонизме большую роль играли магические представления, прорицания, учение о демонах. Со временем эти элементы начинают занимать в нем основное место. Античная рационалистическая философия сменяется своего рода философией откровения.
Получает распространение учение о логосе, созданное еще в I в. н. э. Филоном из Александрии, который стремился сочетать иудейское вероучение с греческой идеалистической философией. В центре его учения стояло понятие Логоса, сыгравшее затем большую роль в различных направлениях христианской теологии. Бог, по учению Филона, не обладает никакими качествами, не имеет протяженности во времени и пространстве. Посредником между этим абсолютом и миром является Слово, Разум божий — Логос. Ниже него находятся «силы божии», воздействующие на космос и человека. Через Логос человек может достичь единения с божеством. Понятие Логоса (Божественного разума) присутствовало и в учении почитателей Гермеса Триждывеличайшего (Трисмегиста), которые считали мир злом, созданным не божеством, а демоническими силами. Учение о Логосе нашло отражение в новозаветной литературе (вероятно, не прямо через сочинения Филона Александрийского, а под влиянием возникавших внутри и рядом с христианством гностических учений). Евангелие от Иоанна так и начинается: «В начале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог».