Таким образом, для вторжения в Эстонию к началу октября было сосредоточено 15 стрелковых, 2 кавалерийские дивизии, 7 танковых и 1 стрелково-пулеметная бригада, в которых насчитывалось более 300 тысяч бойцов и командиров, 2760 орудий, 2077 танков, 243 бронеавтомобиля. Красная Армия собиралась войти в Эстонию, независимо от решения, принятого ее правительством.
Со своей стороны эстонская армия под видом осенних маневров также провела ряд мероприятий на случай войны, а на Кингисеппском и Псковском направлениях, как докладывал Ворошилову начальник пограничных войск НКВД И.И. Масленников, «установила орудия в направлении СССР». Сухопутные силы Эстонии имели под ружьем 14 тысяч человек. Телеграмма главнокомандующего вооруженных сил в случае советского нападения требовала действовать в соответствии с планом прикрытия, «инициативно и смело, выполняя всем нам известную задачу – каждому на своем фронте защищать свою землю, государство и народ… Мы войны не начнем, но если противник вторгнется на нашу территорию, тогда – смело навстречу ему».
26 сентября в Таллине, с целью обсуждения советских предложений, состоялось совместное заседание комиссий по иностранным и военным делам Государственной думы и Государственного совета. Всем присутствовавшим было ясно, что предложение Москвы является ультиматумом, непринятие которого приведет к военному конфликту, а навязываемый Эстонии договор – не что иное, как форма протектората. Было очевидным и то, что после разгрома Польши и начала войны в Европе реальной помощи ждать неоткуда. Главнокомандующий вооруженных сил генерал Йохан Лайдонер прямо заявил, что в столкновении с Советским Союзом поражение и гибель государства неизбежны: «Кроме всего прочего, трудно начинать войну, когда тебе предлагают договор о помощи. Это было бы пропагандистским поводом для России, воздействие которого нетрудно представить. Мы в таком положении, что нам очень трудно оказать сопротивление. Нас ставят в такое положение, что мы должны сделать первый выстрел». Оказавшись перед небогатым выбором: договор или война, эстонское руководство единогласно решило подписать соглашение, дабы сохранить «физическое существование нации». Общее мнение выразил член Госсовета И. Пухк: «Мы попытаемся сохранить свой народ, так как если Россия явится сюда, то всех нас вывезут на ее территорию. Договор России с нами сейчас – лишь начало, он может быть распространен на Финляндию и другие страны. По крайней мере, можно ожидать этого. Постараемся заключить только хороший договор, насколько это возможно».