Таким образом, советская военная группировка на границах Прибалтики, с учетом развернутых на ее территории особых корпусов, насчитывала 435 тысяч человек, до 8000 орудий и минометов, свыше 3000 танков, более 500 бронеавтомобилей. Для участия в операции было выделено 18 среднебомбардировочных, 3 дальнебомбардировочных, 5 тяжелобомбардировочных, 3 легкобомбардировочных, 2 штурмовых и 16 истребительных авиаполков, насчитывавших 2601 самолет. Как докладывал Военному совету БОВО командующий 3-й армией, в ходе маршей отрабатывались вопросы их организации, разведки, управления и охранения, по возможности велась боевая подготовка. «Политико-моральное состояние частей 3-й армии здоровое. Весь личный состав в полной решимости выполнять любые задания партии и правительства».
В приграничных округах была развернута сеть госпиталей. 14 июня 1940 года начальник Генерального штаба распорядился призвать весь личный состав и автомашины для укомплектования эвакогоспиталей и военно-санитарных поездов. Всем мобилизуемым следовало объяснять, что это обычные учебные сборы. В округах развертывались тыловые части и учреждения, необходимые для обеспечения полноценной боевой деятельности войск.
Сосредоточивавшиеся войска соблюдали меры маскировки и вели наблюдение за сопредельной литовской территорией. 14 июня 1940 года была установлена морская и воздушная блокада Прибалтики. В тот же день генерал Павлов издал приказ об обращении с военнопленными, согласно которому их передача НКВД должна была осуществляться на границе на станциях Бигосово и Свенцяны для 3-й армии, Солы и Марцинканцы для 11-й армии. Определялись нормы довольствия военнопленных, запрещалось изъятие личных вещей, а на реквизированные ценности следовало выдавать квитанции. Чекисты готовили лагеря для приема 50–70 тысяч пленных, а пограничникам было приказано обеспечить переход границы частями Красной Армии, для чего предусматривалось создание ударных и истребительных групп. В их задачу входило ведение разведки и рекогносцировки, выбор места перехода границы, подготовка переправ и плавсредств, а после начала боевых действий – уничтожение штабов и подразделений пограничной службы противника, средств связи, заграждений, минных полей.
Военные советы и начальники политуправлений получили директиву о политработе во время похода в Прибалтику, в которой перечислялись «вины» прибалтов перед миролюбивой Страной Советов и обосновывалась необходимость «обеспечить безопасность СССР»: