12 июня советское полпредство в Литве сообщило, что литовская комиссия саботирует изучение деятельности «охранки». 14 июня Молотов уведомил полпредов СССР в Финляндии, Эстонии, Латвии и Литве об отношении к Балтийской Антанте, которая «носит на деле антисоветский характер» и является «нарушением пактов, которыми запрещено участие во враждебных Договаривающимся сторонам коалициях», а заместитель наркома В.Г. Деканозов в тот же день принял Урбшиса, который, сообщив об отставке Скучаса и Повилайтиса, вновь отрицал причастность литовских органов к исчезновению советских солдат и антисоветский характер Балтийской Антанты.
Но время отговорок уже кончилась, Красная Армия, начистив штыки и пробанив пушки, доложила о своей полной готовности «принести счастье литовцам» и прочим балтам.
В ночь на 15 июня Молотов предъявил Урбшису ультиматум: СССР немедленно вводит в республику дополнительные войска и требует смены правительства. Правительство Советского Союза – пролитовское, хохмил Молотов, и мы хотим, чтобы литовское правительство было просоветским: «Далее тов. Молотов подчеркивает, что вышеупомянутое заявление Советского правительства неотложно, и если его требования не будут приняты в срок, то в Литву будут двинуты советские войска, и немедленно… Тов. Молотов подчеркивает, что нужна такая смена кабинета, которая привела бы к образованию просоветского правительства в Литве… Урбшис говорит, что он не видит статьи, на основании которой можно было бы отдать под суд министра внутренних дел Скучаса и начальника политической полиции Повилайтиса. Спрашивает, как быть? Тов. Молотов говорит, что прежде всего нужно их арестовать и отдать под суд, а статьи найдутся. Да и советские юристы могут помочь в этом, изучив литовский кодекс…»
Разъяснив, что предполагается дополнительно ввести 3–4 корпуса (9–12 дивизий) во все важные пункты Литвы, Молотов пообещал, что при наличии «правильного» правительства советские войска не будут ни во что вмешиваться и вообще мера эта – временная. Но если требования не будут приняты, войска все равно войдут.
Срок ультиматума истекал в 10 часов 15 июня.
Президент Литвы А. Сметона настаивал на оказании сопротивления и отводе литовских войск в Восточную Пруссию, но генерал Виткаускас его не поддержал. Надежды на Германию, по сообщению посланника в Берлине, отпадали. «Литовское государство, – сообщал в канцелярию имперского МИДа заведующий референтурой Грундхерр, – можно быть уверенным, до самых последних дней не было, вероятно, до конца уверено в том, полностью ли мы политически не заинтересованы в Литве или нет, и во многих кругах, как, например, при литовском посланнике здесь, вероятно, была жива какая-то надежда на то, что Германия в случае дальнейших русских притязаний замолвит за Литву словечко в Москве, хотя, конечно же, с нашей стороны не было дано повода для подобных предположений».