20 июня германскому посланнику в Бухаресте было передано заявление румынского правительства, в котором отмечалось, что «идентичность интересов, которая связывала оба государства в прошлом, определяет также сегодня и определит еще сильнее завтра их взаимоотношения и требует быстрой организации этого сотрудничества, которое предполагает сильную в политическом и экономическом отношении Румынию, ибо только такая Румыния явится гарантией того, что она сможет выполнять свою миссию стража на Днестре и в устье Дуная». Берлин с ответом не торопился.
Крупные перемещения советских войск не остались незамеченными. 25 мая граф Шуленбург обратился к Молотову за разъяснением слухов о концентрации советских войск на границе с Румынией. «Молотов ответил, что все эти слухи лишены оснований», – докладывал Шуленбург.
Поскольку румынские «бояре» намека не поняли, Сталин решил, что пора «поставить вопрос о возвращении Бессарабии военным путем» параллельно с «возвращением Прибалтики». Историческая справедливость требовала. И безопасность страны. Да и время уж больно было подходящее для «укрепления юго-западных рубежей».
Конкретные приготовления начались 9 июня 1940 года, когда Военные советы Киевского и Одесского округов получили директивы наркома обороны: привести войска в состояние боевой готовности по штатам мирного времени без подъема приписного состава, сосредоточить их на границе с Румынией и подготовить операцию по возвращению Бессарабии.
На базе управления Киевского военного округа было создано полевое управление Южного фронта под руководством свежеиспеченного генерала армии, героя Халхин-Гола Г.К. Жукова, включавшее 5-ю армию под командованием генерал-лейтенанта В.Ф. Герасименко, 12-армию генерал-майора Ф.А. Парусинова и формировавшуюся из войск Одесского округа 9-ю армию генерал-лейтенанта И.В. Болдина.
13 июня в Кремле состоялось совещание высшего военно-политического руководства, на котором присутствовали Сталин, Молотов, маршалы Тимошенко и Шапошников, заместитель начальника Генштаба генерал-лейтенант И.В. Смородинов, начальник Политуправления армейский комиссар 1 ранга Л.З. Мехлис, командующие войсками и члены Военных советов КОВО – Г.К. Жуков, корпусной комиссар В.Н. Борисов и ОдВО – И.В. Болдин и корпусной комиссар А.Ф. Колобяков, нарком ВМФ адмирал Н.Г. Кузнецов, начальник Главного морского штаба адмирал Л.М. Галлер и командующий Черноморским флотом контр-адмирал Ф.С. Октябрьский. Разговор шел о подготовке операции против Румынии.
К 17 июня Военный совет Южного фронта разработал план, который был представлен на утверждение наркому обороны. 19 июня в Проскурове генерал Жуков провел специальное оперативное занятие с Военными советами армий и командирами корпусов с целью ознакомить их с характером и планом операции. Были даны указания об особенностях боевой подготовки войск и тылов к предстоящей операции, докладывалось о состоянии войск, уточнялись задачи, порядок взаимодействия.