В настоящее время летчики самолетов «Рафаль» проходят двухмесячный курс обучения в классе на авиабазе Монт-де-Морсан, затем еще два месяца обучаются на земле на авиабазе Сент-Дизье, после чего выполняют три полета с инструктором на двухместном «Рафале В» и уже затем выпускаются в первый самостоятельный полет на новой матчасти. Боеготовым считается пилот, выполнивший самостоятельно 15 полетов на истребителе «Рафаль», хотя курс обучения сильно зависит от подготовленности конкретного летчика – количество самостоятельных «учебных» полетов варьируется от 15 до 40 полетов. В ближайшее время будет разработан стандартный курс подготовки летчиков самолетов «Рафаль». Летчики отмечают, что «Рафаль» проще в управлении, чем любой другой французский реактивный самолет.
Планировалось, что с августа 2007 г. истребители «Рафаль» из состава эскадры ЕС-01.007 заступят на боевое дежурство в составе ПВО Франции. Впервые за пределами Франции истребители «Рафаль» из состава ВВС были продемонстрированы в 2006 г. на учениях НАТО «Тайгер Мит» в Испании, куда были направлены два самолета «Рафаль В» из испытательной эскадры ЕС-05.330. В январе 2007 г. «Рафали» ВВС Франции принимали участие в учениях НАТО, которые проводились на территории Бельгии. В марте 2007 г. три истребителя «Рафаль» ВВС Франции были переброшены на авиабазу Душанбе в Таджикистан. Самолеты действовали над Афганистаном. Обычно боевые вылеты выполнялись парами – один «Рафаль», вооруженный 227-кг корректируемыми авиабомбами GBU-12, и один «Мираж-2000», оснащенный контейнером с лазерным дальномером-це- леуказателем. Боевые вылеты нередко продолжались 6-7 часов, в ходе одного вылета истребители по несколько раз дозаправлялись в воздухе от различных самолетов-заправщиков ВВС стран НАТО. Летный и технический состав ротировался каждые два месяца. Истребители «Рафаль» вернулись из Таджикистана во Францию в июле 2007 г.
На январь 2008 г. запланировано участие истребителей «Рафаль» в проводимых ВВС США многонациональных учениях «Рэд Флэг». Во всех случаях развертывания самолетов «Рафаль» за пределами Франции техническое сопровождение обеспечивалось не только инженерным составом ВВС Франции, но и специалистами фирмы Дассо.
Полеты самолетов «Рафаль» на авиабазе Сент-Дизье выполняются с относительно высоким уровнем интенсивности – ежедневно от двух до четырех самолетов выполняют три – четыре полета. Готовность парка самолетов «Рафаль» эскадры ЕС-01.007 поддерживается на уровне 50 – 80%. Подготовку самолета к вылету производит один специалист инженерно-техническо- го состава, в то время как самолет «Мираж 2000» готовят к полету три человека. С помощью специальной поверочной системы контролируется состояние более чем 2300 параметров бортовых систем и агрегатов. Замена двигателя занимает три часа, замена катапультируемого кресла возможна без снятия подвижного сегмента фонаря кабины.