Став настоятелем после смерти Дамаскина, Ионафан II дело наставника своего и рачителя с успехом продолжил. Именно при нем вчерне был выстроен новый, стоящий поныне Спасо-Преображенский собор. Но видеть детище свое отцу Ионафану уже не довелось. Расписывали, освящали собор без него. 20 января 1891 года его не стало.
Преемником отца Ионафана становится игумен Гавриил. Похоронили игумена Ионафана II на игуменском кладбище вблизи алтаря кладбищенской церкви, практически рядом с могилой его наставника, отца Дамаскина. Рачением игумена Гавриила был завершен и освящен собор. Наступал XX век. Жизнь в обители шла своим чередом. Новый 1900 год встретили обыденно. Рождество Господне, как всегда, было большим праздником в монастыре, и никто не чаял, веком каких потрясений и испытаний станет наступившее столетие для Валаамской обители.
Для того чтоб осознать причинно-следственную связь событий, будораживших эти края в первой половине нашего века, совершенно необходимо проследить исторические процессы, всему этому предшествовавшие. Как было изложено выше, с момента завоевания Биргером Финляндия становится совершенно бесправным вассалом шведской короны. Правда, в 1281 году ей был дарован статус Великого Герцогства Финляндского шведского королевства, а с 1581 года она получила название Великого Княжества Финляндского и даже право иметь свой собственный сейм, правда, номинально, ибо не было выработано в шведском королевстве законов именно для Финляндии, которые бы учитывали менталитет его народа, условия жизни, быта и культуры. В таком правовом состоянии она и находилась до 1809 года, когда поверженное в последней русско-шведской войне королевство уступило (по Фридригсгамскому мирному договору) Финляндию Российской Короне. Тогда же, в марте, в городе Порво (шведское название Борго) состоялся первый сейм Великого Княжества Финляндского Российской Империи (статус Великого Княжества был оставлен за Финляндией указом Александра I). На сейме этом дарована была финскому народу конституция и предоставлена широчайшая автономия. Финляндия сохраняла все существовавшие в ней законы (в которые она уже вжилась за века), помимо этого, получала право иметь собственную почтовую и дорожную системы, чеканить свою монету, иметь свою полицию, таможню, погранстражу, позднее гвардию и даже в Фридригсгаме свой кадетский корпус. В сфере государственного устройства — сейм, сенат и Верховный суд. Генерал-губернатор княжества напрямую подчинялся царю, а последний являлся для Финляндии конституционным монархом. И, наконец: в этой стране не было введено крепостное право.