Через двадцать дней после от'езда Зюсса главнокомандующий войсками Виндишгриц артиллерийской бомбардировкой подавил революцию в Вене. Покоритель Вены отдал приказ вешать всех, у кого имеется оружие. Началось торжество реакции. Военные суды увеличивали количество жертв защитников венской революции. Палачи работали без отдыха.
На престол вступил Франц-Иосиф I. В 1849 году он издал конституцию, общую для всех государств, включенных в Австро-Венгрию. В ответ на это венгерский сейм об'явил Венгрию независимым государством.
Австрийская контрреволюция не могла своими силами справиться с народным движением в Венгрии; Франц-Иосиф обратился за помощью к русскому царю Николаю I — оплоту мировой реакции. По приказу Николая в Венгрию были посланы войска под командой генерала Паскевича. Генерал, не жалея пороха и пуль, с чудовищной жестокостью расправился с венгерской революцией.
В ноябре 1848 года семья Зюсс вернулась в Вену. Эдуард Зюсс, оставшийся в Праге по болезни, начал посещать лекции в политехникуме. Болезненное состояние удручало его — рана на ноге не закрывалась.
В Богемском музее Зюсса привлекло собрание силурийских окаменелостей. Хранитель музея Дорницер дал ему первые серьезные об'яснения, разрешил открывать витрины, а летом 1849 года взял его с собой в геологическую экскурсию.
Вид остатков давно исчезнувшего морского населения, мысль о громадных переворотах, происшедших на земле, и сознание, что один удар молотка вскрывает перед ним создание, которого никто из смертных еще не видел, так овладели фантазией Зюсса, что заслонили все другие интересы. Как только зажила его рана, он стал проводить каждый свободный день где-либо в окрестностях Праги, богатой окаменелостями. Он писал отцу восторженные письма и старался раз'яснить ему, какими замечательными созданиями являются граптолиты, нежные морские животные, сохранившиеся в неясных очертаниях на сланцах Кухельбада. Но отца эти письма не очень увлекали. Он отвечал ему, что лучше заниматься химией и такими предметами, которые со временем пригодятся для кожевенного производства. Брат Фридрих сообщал Эдуарду свои опасения, что управляющий делами обманывает отца и что ему, Эдуарду, необходимо возвратиться, чтобы заняться кожевенным производством.
Летом 1849 года Зюсс вернулся в Вену и возобновил учение в политехникуме. Главными предметами его занятий были практическая геометрия и механика. Чтобы порадовать отца, Зюсс сделал большой чертеж его фабрики и получил за это 10 гульденов — огромную сумму для студента того времени. Это были первые деньги, заработанные собственным трудом. Ему приходилось ежедневно проделывать пешком далекий путь в политехникум и обедать, подобно многим студентам, за 12 крейцеров в мрачном кабачке.