Деятельность Зюсса обратила на себя внимание ученых и открыла ему доступ в венский придворный Минералогический кабинет. В то время молодой человек, хорошо владевший английским и французским языками и могущий вести переписку, был большой редкостью, и Зюссу охотно поручали ту или иную работу.
В октябре 1850 года он начал слушать лекции: по строительному искусству, по химии и практической геометрии — в политехникуме, и по теоретической астрономии — в университете. Он сдал испытание по механике. Сношения с Безардом возобновились. Последний пригласил Зюсса и еще нескольких студентов приходить к нему три раза в неделю на дом. Он обещал об'яснять новые машины, а Зюсс должен был учить студентов английскому языку, чтобы они могли понимать специальные журналы. Занятия проходили успешно.
В это время в Вене появился спрос на лакированную кожу, и Зюсс построил на фабрике отца шесть новых печей для лакировки. Но интересы его попрежнему были связаны с музеем.
Однажды, в начале декабря 1850 года, отец Зюсса шел по улице. Его остановили и предупредили, что завтра у него будет обыск. Он вернулся домой. Семья все пересмотрела, но ничего подозрительного не нашла, кроме нескольких журналов и карикатур 1848 года. Эдуард на вопросы отца заявил, что он ни в каких запрещенных обществах или делах участия не принимал. Обыск, произведенный через три дня, ничего не обнаружил; но из стола Эдуарда забрали все бумаги.
В политехникуме отсутствовали Безард и некоторые товарищи Зюсса; по слухам, они были арестованы. 16 декабря в половине седьмого утра Эдуарда Зюсса арестовали. Полицейский чиновник, в сопровождении другого чина, повел его под руку в мрачное здание в переулке Штерн, где раньше помещался женский монастырь, а теперь был расположен полицейский штаб. Народная молва называла его «отель Штерн». Когда Эдуарда вели по обширному двору, один из гулявших там арестантов воскликнул: «Вот гувернантка опять привела воспитанника». В канцелярии составили протокол. Эдуарда раздели, отобрали часы и запонки и затем повели на несколько этажей вниз. В темном коридоре открыли тяжелую дверь камеры, из глубины которой раздался возглас: «Нас уже шестеро, нет места!», но Зюсса втолкнули и быстро заперли дверь на замок.
Эдуард остановился у дверей, привыкая к мраку. Ему, не раз посещавшему рудники, казалось, что он попал в глубокую шахту. Свет проникал сверху через два небольших отверстия с толстыми решетками. Справа от дверей, вглубь, тянулись нары, на которых лежало несколько едва различимых фигур. У стены под окнами стояли тяжелые обрубки дерева, заменявшие стол и стулья. Слева в углу, в квадратном ящике, стоял ушат.