В беседах с учеными Германии, Бельгии и Франции Зюсс мог подметить возникавшее уже тогда стремление вывести геологию из хаоса господствовавших стратиграфических этюдов отдельных местностей на путь истолкования истории всей Земли. Он снова вспоминал разнообразие строения своей родины, в особенности резкое различие между южной полосой горных пород, слагавших Карпаты и Альпы, и северной — в Богемском массиве, Судетах и равнине Галиции. Такой контраст в то время едва ли был известен в другой части Земли. Особенно занимала Зюсса причина различия в строении западных Карпат и их подножия от строения каменноугольного бассейна Острау и холмов Кракова. Он решил посвятить лето 1858 года их изучению.
Во время этих исследований Зюсс находил приют для ночлегов то в замках помещиков, то на постоялых дворах деревень. Он имел возможность сравнивать сытую и праздную жизнь в богатых дворцах, окруженных обширными красивыми парками с цветниками, оранжереями и фонтанами, с жалким существованием польского и еврейского населения в селах и городах, где много нищих и кабаков. Имел возможность наблюдать крестьян с их первобытными телегами, колеса которых представляли сплошной деревянный круг. Крестьянство вело еще натуральное хозяйство, производя обмен картофеля и лука на гвозди или горшки. При в'езде в один городок его поразило об'явление, запрещающее ввоз спиртных напитков в ущерб арендаторам кабаков.
В Карпатских горах Зюсс встретил в лице пастухов здоровое и крепкое население, гостеприимное и наивное. Сравнивая их с жителями городов, он замечает, что жизнь в горах и здесь оказывала такое же влияние на славян, как в Тироле на германцев, но не добавляет, что кроме горного воздуха громадную роль играли и особые экономические условия, отличные от таковых в селах и городах на равнине.
Летом 1860 и 1861 годов Зюсс изучал берега прежнего Средиземного моря вдоль подножия Богемско-Моравских гор, между Рецом и Дунаем. В имении графа Пюклера его поразили формы одиночных лип и дубов, растущих на окраине парка и тщательно оберегаемых графом, называвшим их солитерами. Зюсс замечает, что только в таких условиях свободного роста липа получает свои правильные готические очертания, а дуб — неправильные, распространяя свои угловатые ветви во все стороны. В лесу дерево, стесненное в развитии своими соседями, получает ограниченное пространство и освещение.
В окрестностях Эггенбурга Зюсс имел возможность видеть, что по склонам древнего Богемского массива длинным поясом на одной и той же высоте тянутся осадки прежнего Средиземного моря. Он пришел к выводу, что такая равномерность может получиться только в связи с понижением уровня моря, но не поднятием суши. Этот вывод противоречил общепринятым взглядам геологов и требовал дальнейшей проверки. В доказательство правильности этого вывода Зюсс указывает на следующий факт. Многие острова среди океана имеют растительный покров и животное население, тождественные или столь близкие растениям и животным соседнего материка, что могут считаться частями последнего. Такая фауна и флора островов не могла подняться из моря, тогда как изменение уровня последнего могло их отрезать от материка и сохранить в виде реликтов (остатков) тот же растительный и животный мир, что и на материке. Но для подтверждения своего вывода Зюсс должен был собрать еще много наблюдений над ископаемой фауной, над высотой залегания слоев и т. п. Он опубликовал свою гипотезу, возникшую в районе Эггенбурга, только пятнадцать лет спустя, в виде учения об эйстатических движениях морского уровня.