Весной 1862 года он напечатал книгу «Происхождение и состав почвы Вены и ее отношение к жизни горожан». В этом труде был подробно рассмотрен вопрос о происхождении и качестве воды, которую пьют жители, и показана неотложность постройки нового водопровода для снабжения Вены чистой водой. Этот же вопрос подняли в это время и разные учреждения Вены. Комиссия, назначенная правительством, колебалась при выборе проектов между водоснабжением из Дуная и из источников Фиша-Дагниц, близ Нейштадта, в 50 километрах от Вены. Зюсс пока ограничивался тем, что серьезно предостерегал от передачи предприятия в руки частной компании. Его книжка обратила на себя внимание широких кругов Вены. Восьмидесятилетний эрцгерцог Людвиг даже пригласил Зюсса в Шенбруннский дворец и интересовался вопросом, можно ли питать дворцовые фонтаны артезианской водой. Общество врачей приняло большое участие в обсуждении и дальнейшем осуществлении водоснабжения.
В начале 1863 года Зюсса попросили сделать доклад о снабжении Вены чистой водой в собрании муниципальных советников, после чего он был приглашен в состав городской комиссии по водоснабжению и затем избран в члены городской думы. Здесь он встретил много сторонников, но также немало и противников водоснабжения, связанного с большими затратами для города. Дума состояла из 120 членов, и вицебургомистр Фельдер, бывший на стороне Зюсса, указывал, что наибольшее затруднение для проведения крупного мероприятия представляет многолюдность собрания. Для того чтобы провести проект, необходимы крепкая организация и убедительная мотивировка предложения. Он взялся за организацию партии сторонников наилучшего водоснабжения и привлек в ее состав ряд выдающихся членов думы для беспристрастного и строгого обсуждения предлагаемых решений вопроса.
Проектов водоснабжения было представлено 56, в том числе и совершенно фантастические. На первом месте стояли проект расширения существующего водоснабжения из Дуная (обслуживавшего только самую низкую часть города) и проект водоснабжения грунтовой водой Штейнфельда, именно из его наиболее мощного стока в виде глубинных источников Фиша-Дагниц. Последний проект предлагался уже в предшествующие годы. Его защищали два крупных инженера и газета «Presse», издатель которой, Цанг, был членом думы и, одно время, председателем комиссии по водоснабжению. Дума ассигновала средства на предварительное изучение проекта под руководством Зюсса, которое и было произведено в 1863 году в виде исследования водосборных площадей. Деятельным сотрудником Зюсса был инженер Юнкер, участвовавший перед тем в нивеллировках на Суэцком канале и приобретший много опыта в гидротехнических вопросах. Он разделял убеждение Зюсса, — что для водоснабжения Вены нужно взять самую чистую воду, невзирая на все трудности. А так как наиболее опасное загрязнение органическими веществами связано с жилищами людей, то нужно было искать водосборные площади, расположенные вне населенных мест. Такие можно было найти только на высотах Альп. Вопрос заключался в том, можно ли использовать источники, вытекающие у подножия этих высот, несмотря на их отдаленное расстояние от Вены.